國民黨在私菸案逮到機會，痛批涉案單位都是總統府高層和侍衛室官員；藍委曾銘宗更指總統府秘書長陳菊辦公室同仁，都可能有人參與其中，要求陳菊應下台負責。陳菊方面亦毫不示弱回擊，「國民黨團記者會惡意指控陳菊辦公室涉入此案，此為造謠抹黑，請立刻澄清道歉，否則將採取法律行動以昭公信」。
綠營還是接近不了國安局？
蔡英文總統面對私菸案，相較過去的保守態度，多次站上第一線對外澄清說明，以陳菊被國民黨要求下台一事，她回應，對此案嚴正以待，長期以來累積的問題，就把它查清楚，將來不要再發生，「在野黨也不需要再這上面旁生枝節、含沙射影」。
或許，這正是因為長年累積的沉痾，藍綠執政都沒有解決，也減少社會只對民進黨的單面向打擊；再者，蔡英文直到返抵國門，都未接獲任何資訊，也讓外界認為國安調查系統實乃自成一格，甚至同情民進黨執政至今，仍無法掌控情治單位，更期待蔡英文能藉此機會徹底清除國家之恥。
觀察國安局長彭勝竹、總統府侍衛長張捷下台之後，由柯承亨、柳惠千2位副手代理，但柯承亨代理不到24小時，高層就宣布由退輔會主委邱國正接任國安局長。這樣的人事安排，顯示即使柯承亨已擔任副局長多年，還是沒有能力扶正，國安局仍需要「軍方」坐鎮，保守程度可見一般。
國民黨定調是總統府走私香菸
值得觀察的是，國民黨把私菸案定義為，「不是國安局走私香菸，是總統府走私。」曾銘宗指出，私菸案應重新定位，因為從事前採購、相關文書、隨專機入境、貨車安排等，都有總統府高層和侍衛室官員所為，而侍衛長從來無需向國安局報告，而是直接向總統及總統府秘書長負責。
他認為，免稅品是高層默許下挾帶進到車隊，關鍵人物包括前侍衛長張捷、永和官邸警衛室主任林國欽，他們可能都知情，更涉及圖利罪；且總統辦公室和陳菊辦公室恐怕都有人參與團購，團購名單尚未公布，無法對外界交代，「陳菊必須下台負責，總統蔡英文也要公開道歉」。
揭露私菸案的時代力量立委黃國昌，從一開始就不認為蔡總統該為此事負責，近日則把焦點轉向華航，認為華航內部的檢討速度太慢，且有包庇之嫌，對於國安局長、侍衛長的人事案未有表態，但是對國安會秘書長李大維，卻有微詞，認為他的神隱，「讓火燒到總統身上」。
陳水扁、陳致中認為老藍男應下台
民進黨高雄市議員陳致中直言，應該撤換李大維，他說，若要整頓國安體系，不只國安局，國安會更是龍頭老大，是國安局的上司，「老藍男」李大維應立即撤換。他提醒，國安菸案如果輕放，民意的怒氣恐會重傷蔡政府。
前總統陳水扁25日也在臉書發文說，這是變本加厲最駭人聽聞的重大弊案，如果沒有華航「內神通外鬼」，是不可能「五度五關」，應負起政治責任的國安會秘書長或府副秘書長能夠平安沒事嗎？何況華航2位綠營出身的副總是否才是真正的「共犯」，竟能消遙法外安全下莊？如果對自己人可以輕輕放下，蔡總統就準備明年選舉重重摔下吧？！
究竟，還有誰要下台，才能平民怨？藍營點名陳菊，綠營直指李大維。不過，據了解，府院高層定調的基準是，「李大維不走人」，至於陳菊就更不可能，消息指出，在蔡英文連任前，李大維仍是台美關係的最核心知情者，最高當局的策略就是「維穩」，國安系統的人事更迭已暫告一段落，華航就交給交通部。
由於近日包括綠黨、美麗島電子報的民調，蔡英文並未因私菸案受傷，或許有，但因為韓國瑜被淹水及爬樹搞得七葷八素，柯文哲也沒有撿到槍，如此，蔡政府的作為是，陋習就此止住，調查依循司法程序，至於選戰，則有新議題來主導。
