今年9月，周刊踢爆國立台北商業大學校長張瑞雄濫權自肥，私自挪用校務經費，導致校務基金自2014年張瑞雄上任前結餘款近2億元，才5年的時間，竟由盈轉虧總債超過2000萬元；去年政大亦被爆出元大金控捐贈1億元憑空消失，校務基金陷入疑雲。
台大研究生協會19日召開「開箱校長小金庫！校務基金要有監督」記者會，指出目前國立大學校務基金使用不公開、不透明，且無任何稽核機制，源自於2015年的不當修法，讓校長擔任校務基金管理委員會召集人，並將稽核人員隸屬於校長下，形同校長可以「球員兼裁判」。
教育部每年補助563億給國立大學校務基金
過去，國立大學的主要經費來源來自政府編列預算，但隨著政府財政負擔增加，政府於1999年制定國立大學校務基金制度，落實國立大學的財務能夠適度自主，而基金來源除了政府編列預算補助和學雜費收入外，還包含了捐贈、場地設備管理收入、推廣教育、建教合作和投資收益等自籌項目。
目前，教育部每年補助49所國立大學院校563億的校務基金，佔校務基金的一半，換句話說，若沒有完善的監督制衡機制，人民的納稅錢恐怕遭校方濫用，而沒有真正用於提供學生更好的學習環境、研究條件等。
校長球員兼裁判！也不願讓老師改規則
曾擔任台大經費稽核委員會召集人的台大電機系教授吳瑞北表示，1999年通過《國立大學校院校務基金設置條例》設置管理委員會，其中校長為召集人，並另外設有經費稽核委員會，成員由校務會議代表推選，監督經費支用，各司其職，多年運作情形良好。
但關鍵就在於2015年前教育部長吳思華時期，為了強化校務基金內部控制修改《校務基金管理及監督辦法》，卻直接將稽核人員隸屬於校長，導致目前校務基金的管理及監督均由校長主導，監督形同虛設。
吳瑞北指出，台大與清大校務代表都曾意識到問題嚴重性，並在校務會議提案改善，但都遭校方以教育部母法已無經費稽核委員會為由，封殺提案；交大則雖然還存有稽核委員會（由校務會議中推選出委員會成員），但礙於教育部規範，經費稽核委員會的任務不得與稽核室重疊，功能也大幅限縮，因此要趕快法改回來。
時力以提修正草案，但時間不多了
此外，台大研究生協會會長王昱鈞指出，校務基金一部分來自學生學雜費，因為校務基金可以自主營利，所以學校可拿學生的學雜費去投資，也可以知道每次投資學校獲利有多少，甚至台大的投資標的都會引起投資客關注，但為甚麼每次學生向學校反映路燈壞了、水管漏水等修繕費用，校方卻總以沒錢塘塞，才發現學生根本不知道學校的錢用在哪。
台大學生會代表謝佩玲表示，台大校長管中閔上任後，有一批教職員常以「大學自主」來解釋他的行為，但大學自主不是校務基金管理委員會的自主，也不是校長的自主，他批評校方對稽核室主任由校長任命的事實避重就輕，也呼籲管中閔展現開誠布公的氣度，公開校務基金的運用。
目前時代力量立委鄭秀玲已提出修正草案，將校務基金的稽查權還給由學校校方、教師，學生所組成的校務會議，行政院長蘇貞昌亦在質詢時表示認同修法方向，唯該會期將於12月17日提前結束，所剩時間不多，要在此會期完成修法難度甚高。
