國民黨在剛經歷敗選而面臨黨內改組的過渡期間，卻仍然爆出各種狀況引發批評。包括在黨中央組成七人小組協助武漢台商包機，也發生名單不符，甚至有感染者上機的狀況，而此時黨中央中常會還通過立委傅崐萁的回復黨籍案，更引發黨內爭議，讓黨內風波不停。
徐正文台商包機被圍剿，國民黨切割止血
這次在武漢台商包機返台過程中，也發生老弱病患未列優先，但中國籍配偶先占位返台，甚至被額外夾帶肺炎確診者的爭議，國民黨中央委員徐正文做為主事者，也被指控與中共共謀，導致第二批返台包機延宕，徐最後甚至被形容是國民黨的「老鼠屎」，被黨中央切割，表示徐正文的作為與黨中央無關。
國民黨6日就表示，徐正文涉違反疾病防治法，未參與七人小組協商，也未經黨中央授權，干擾妨礙政府等相關單位團體合作防疫抗疫之進程，破壞國民黨形象聲譽，經詢問統計有超過半數的考紀委員會委員同意，將徐正文先以停止黨權處分，後續再由所屬黃復興黨部進行審議，再提報考紀會。
傅崐萁被回復黨籍，引黨內不滿
值得注意的是，國民黨中常會5日還通過前花蓮縣長傅崐萁的回復黨籍案，只是傅在過去就曾因違紀參選而被開除黨籍，這次又是打敗國民黨所提名的黃啟嘉而當選立委，而且還因炒股案在2018年入獄，現也有其他司法案件還在審理，在過去已多次提出恢復黨籍，被黨中央擱置未處理。
不過，在前主席吳敦義因敗選下台後，中常會即快速通過傅的黨籍案，讓黨中央被批評有「昨是今非」、「改革越改越倒退」之嫌。黨內認為，目前正值主席、中常委改選階段，黨內僅屬「看守」性質，甚至許多中常委已請辭，卻通過具爭議的恢復黨籍案，因而有許多受到批評。花蓮縣黨部對此也表示不符程序，罔顧地方權益，應由下而上，而非中常委開會決定。
對於過渡期間通過有「偷跑」味道的回復黨籍案，積極準備黨主席補選的參選人似乎都低調處理，原因為何？黨內人士透露，就是因為黨內選舉的影響力不容小覷。
對於傅崐萁議題，黨主席參選人郝龍斌就沒有公開表示意見，另位江啟臣也態度保守。江啟臣說，國民黨團只要能增加戰力，就該往這個方向去思考，國民黨中央怎麼處理黨籍，有其制度，他尊重結果，「更重要是黨團戰力要強化」。
而對於傅崐萁仍有官司，還有地方黨部認為程序不符的問題，江啟臣則說，黨中央有必要澄清相關疑慮。
至於對武漢台商包機返台事件，江啟臣也表示，他知道國民黨中央在先前的協助工作上盡了最大力，最後因徐正文本身的言行引起外界爭議，他建議國民黨考紀會主動處理，不要讓社會各界對國民黨有所誤解。
傅崐萁黨內影響大，黨主席參選人不願碰觸
有黨務相關人士分析，國民黨目前粗估有25萬左右黨員左右，傅崐萁個人就有約近萬票的實力，甚至在約有近3分之一強的黃復興黨部選票中，傅崐萁也有不小影響力，所以在黨主席選舉中必然是參選人尋求支持的對象，也因此參選人不可能對此事有太多評論。
黨內人士透露，傅崐萁在泛藍陣營內影響力頗大，又在選舉中大力幫忙高雄市長韓國瑜，所以當吳敦義下台後就順利回復黨籍，這次在中常會提案的常委李昭平就是挺韓中常委，就被認為是有韓國瑜的幫忙。
除此之外，國民黨團立委也發生選舉立法院正副院長時都投錯票，凸顯出黨紀不彰問題。在黨團自主的大旗下，黨中央無法強制要求，如何有效貫徹黨紀約束黨團立委，也是未來黨主席的挑戰。
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