為防堵武漢肺炎疫情，台灣政府也面對台商與中國籍配偶子女是否應放行回台的抉擇。陸委會也因聯繫疏失問題，造成取消有條件開放陸配子女入境的措施，引起朝野人道與防疫及醫療能量的爭議。這次雖然藍營內多有聲音願為中配發聲，但也可看出內部對此議題態度的歧異與矛盾。
馬英九批蔡英文「民粹碾壓人權，歧視凌駕人道」
面對防疫指揮中心宣布取消陸委會發佈措施，讓近2000名也是台灣人子女的「小明」被阻隔在外，前總統馬英九立刻喊話蔡總統，「讓他們回家與家人團聚吧，不要讓民粹碾壓人權，歧視凌駕人道。」
馬英九表示，這與「兒童權利公約施行法」的精神背道而馳馬英九引述聯合國《兒童權利公約》第 2 條規定，不可因為兒童或父母的國籍、族裔、社會背景不同，使其權利受到歧視；第 9 條要求，應確保不違背兒童父母的意願而使兒童與父母分離；第 10 條更指出，兒童或其父母為團聚而請求入境或出境時，因此政府有義務依該法規定，秉持人道積極迅速處理。
不分區藍委陳以信也點名行政院兒福小組召集人、政務委員林萬億，應依法立即召開兒福小組會議，解決政府可能面臨違約違法的緊急問題。
藍委要為台商陳情發聲，但國內民意防疫壓力更大
事實上，國民黨立委確實收到不少陳情，也有人對蔡政府與現在主流民意趨向不以為然，但也因此面臨不小壓力。例如林為洲日前就在臉書上發文批評，發起連署要求本國公民才可上返台包機的醫療人員「冷血」，但文章發出不久便自己刪除，事後也閃避媒體追問。
而藍委林奕華則被綠委高嘉瑜在政論節目中指出，小明的故事源頭就是林奕華。但林奕華則澄清，自己從未開記者會，除了衛福部、移民署外，也未曾與陸委會聯繫，認為民進黨將陸委會決策反覆的錯誤推給藍營。雖然已做澄清，但林奕華事後對此也不願再多談，顯然已不願再節外生枝。
在林奕華遭指控的爭議之後，台北市議員羅智強也跳出來「自首」表示，自己是真正「源頭」。他表示，小明的父親是中華民國籍，母親是已取得我國身分證的陸配，小明姊姊在台灣出生有台灣戶籍，小明因為在中國出生，戶籍設在中國，但全家都在台灣生活，小明只是跟著母親到中國探親，如今卻不能入境台灣。
羅智強說，「難道我們選擇的，是讓台灣人的小孩與家人分離，獨自留在大陸？」骨肉不分離都是各國撤僑的通則，南韓、德國、日本、美國、法國的撤僑都包括了「公民及家屬」，因此呼籲陸委會放行中華民國國民的未成年子女。
同樣的，國民黨也呼籲政府可檢討現行全面禁止非本國籍陸配子女返台做法，授權陸委會在兼顧防疫與人權的考量下，有條件進行個案審查，讓有急迫需求的陸配未成年子女入境。
不願具名的藍委分析，因為以國內防疫為優先，可以理解須斷然設限的抉擇，但民代在第一線面對民意，自然在態度與立場上相對保守許多，也因此可看到只有馬英九與相關人馬，或少數態度立場明確，也較少選舉壓力的藍軍人士，還有不分區立委與黨中央對此表達聲音，但立委則明顯盡量保持沉默，至多僅以黨團立場做表達。
防疫面對醫療能量、人道考量的兩難
國民黨內兩岸事務人士說，依規定，持中華民國身分證的台灣人，與持有居留證的中國大陸籍配偶本就可以合法返國，但對於無台灣籍的陸籍配偶的未成年子女是否開放入境，則沒有明確規定，因此在疫情發生，需要設限的防疫處置上成為灰色地帶。
雖然部分孩童可能為在中國當地生活便利、法律權利等問題，父母會選擇中國當地戶籍，但其實在小孩滿12歲之前，也可合法申請台灣戶籍，也就是有許多人並非不願申請中華民國戶籍，而且許多人本就在台灣持續生活，每個個案的情況態樣可能都不同，這也是陸委會本來要以專案處理的原因。
只是如果「防疫視同作戰」這句話為真，哪一切在防疫的最高指導大原則下，事情有優先順序，放寬限制當然就是加大風險，加上從反送中以來，國人防中的情緒高漲，面對中國的疫情又還沒有得到控制，國民黨就算想要大聲，也會陷入兩難，畢竟817萬張選票，才剛剛投下不久而已。
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