中央流行疫情指揮中心11日公布國內第48例武漢肺炎，為北部30多歲女性，2月28日至3月8日獨自前往英國旅遊及探訪當地友人，返國後於3月9日因頭暈、頭痛等症狀至診所就醫，因出現微燒及輕微咳嗽，3月10日至醫院就醫，經通報檢驗於今(11)日確診，目前收治負壓隔離病房治療。
另外，兩岸間談判多時的第二批武漢包機終於在10日啟動，分別由中華航空及東方航空各執飛一航班，分別於10日深夜、11日凌晨抵達台灣，指揮中心指揮官陳時中今日表示，目前共有361人抵台，其中華航共載送169人、東方航空共載送192人；且相較於首批包機，這次弱勢族群有達一定比例。
雙方認知、做法有落差，陳時中：溝通非常困難
第二批武漢包機返台可說多所波折，我方堅持「橫濱模式」高防疫規格，第一架華航專機也順利完成任務，不過在第二架返台的東航專機載運過程中，中方人員一度以「不需要」為由，不准國人穿戴防護衣登機，甚至以「座艙還有空間」為由，臨時提出再加約30人上機，遭我方拒絕。
最後在我方防疫及醫護人員堅持「以健康、防疫」為原則，雙方經過3、4個小時協調後，最後國人才得在登機前穿上防護衣，順利返台。
對於中間的波折，防疫中心指揮官陳時中表示，兩岸在認知、作法上仍有些落差，他舉例說明，中方認為，登機前已對乘客進行檢驗，有發燒的也不會讓他上機，陳時中表示，這部分中方做得很確實，甚至標準溫度還偏低，因此認定登機的乘客不需要做特別防護，只要戴口罩即可；不過我方認為，這樣的防疫還不夠，這就是所謂雙方認知的不同。
至於傳出兩方對登機名單有不同意見、甚至有中方責怪台灣不同意30個遞補名單。陳時中說，登機名單一定要事先掌握，才能坐安全安排，臨時的安排會不放心，因此就不同意更新名單。他也指出，一些中國籍配偶因身分問題，就不同意放到名單裡面去。
陳時中指出，從過去經驗能看到，很多檢驗有時候陰性，有時候陽性的狀況，這是武漢肺炎病毒的特性，所以我方強調，機內的安全防疫還是很重要，不過這樣的要求，可能造成中方解讀為，我們不信任他們的專業。陳時中坦言，過程中的溝通非常困難。
針對此次包機，台灣共安排13名醫護人員，包括4名醫師及9名護理師前往，以確保登機、飛航期間的防檢疫作業與人員照料工作得以嚴謹周全；此外，也安排救護車10輛及遊覽車22輛於桃園機場待命，以協助返台旅客就醫後或載往集中檢疫所。
未搭機案例，陳時中憂當地能否提供好的隔離治療
陳時中表示，昨天有一個案例，在當地檢查到輕微發燒，沒有讓他上機；但陳表示，還是希望後來能聯絡上，因為擔憂他是不是被送去醫院。陳時中說，從報導、電視上能看到當地醫院的情況，所以擔憂這個案例能某得到好的照顧、隔離治療。
據了解，這次包機有11人沒有報到、18人因不願配合檢疫而沒有搭機，對此陳時中說，確切原因沒有問到當事人，所以也不清楚，但仍對滯留當地的人士表達擔憂。
至於有一批候補名單遭我方拒絕登機，陳時中解釋，事先掌握名單很重要，這樣才能理解隔離、檢疫的狀況，並做出最安全的安排，所以臨時要放進來，實在不放心，因此沒有同意。
弱勢族群優先原則？指揮中心：兒童占2成
由於上次名單成為主要爭議點，因此媒體詢問，這次名單是否符合弱勢優先原則，指揮中心醫療應變組副組長石崇良表示，據統計，這次18歲以下兒童的比例不低，近五分之一，有許多是媽媽獨自帶上小孩，以弱勢、老弱婦女跟有醫療需求的人為主，其中有襁褓的嬰兒，年紀最大的也達91歲。
陳時中也分享昨天巡視檢疫所環境。他說，有的地點三房兩廳，適合家庭，有洗衣機、乾衣機、電視、吹風機等電器應有盡有，更特別的是櫥櫃打開「泡麵很多」，而且不同牌子都有，不過，也不是處處如此，有些地方就是要發洗衣板。
另外，有媒體詢問，是否有規劃第三波包機，陳時中僅表示，「一件事情一件事情做好吧」，未多透露。
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