民眾黨立院黨團25日建議，中央防疫指揮中心指揮官，由「行政院長蘇貞昌指揮」，更能綜觀全局，有效進行跨部會協調，將行政資源與效率發揮到最大，「最重要的是讓操勞多日的陳時中能喘口氣，將注意力全放在防疫措施上，以專業建構台灣的防疫城牆。」
兩人意見不同，陳時中最後聽從行政院
由於中國湖北啟封及武漢即將解封，400多位台商能否自行返台？蘇貞昌與衛福部長陳時中一度意見相左。陳時中24日認為，「如果當地解封，台人可以自行回台」，但蘇貞昌的立場卻是，「一定要包機返台」。
民眾黨認為，這凸顯「紓困條例」第7條的矛盾之處，法令中發號施令的指揮官是陳時中，但蘇貞昌身為陳時中的長官，決策上出現矛盾，到底誰說的才算數？
紓困條例第7條規定，中央流行疫情指揮中心指揮官為防治控制疫情需要，得實施必要之應變處置或措施。只是，「中央流行疫情指揮中心」的權力究竟多大，是否高於行政院長甚至總統，紓困條例並沒有明確界定，且既然蔡英文與蘇貞昌都曾以上級領導的身分「視察」指揮中心，顯示指揮官的權責，仍有所限制。
有人從疫情一開始，就刻意在包機上帶風向…
行政院則在召開跨部會討論後決議，「不取消（武漢台人）註記」，仍與中方交涉以包機載運返台，若有特殊個案，由流行疫情指揮中心及陸委會研判。陳時中強調，解封和解註記是兩回事，且涉及國家事務，還是聽行政院的。換句話說，疫情指揮中心與行政院，陳時中與蘇貞昌的上下關係，應該是相對清楚的。
不過，前國民黨立委陳學聖說，「政治的險惡，超越防疫的客觀標準。」他認為，會不會有武漢第三班包機，已不是醫護專才的「陳時中們」所能判定，因為政治病毒，只有躲在「陳時中們」後面的大人，才是真正的總指揮官，「陳時中們」，「只是被小英政府拱成神主牌的擋箭牌啦！」
黨政人士指出，接回滯留武漢的國人，政府的政策考量核心，始終是中國疫情實際狀況，必須落實檢疫優先、弱勢優先，以最高規格進行防疫整備，政府「並沒有所謂不同調的問題」，部分政治人物從疫情爆發之初，就一再的在包機議題上刻意帶風向，無益於台灣整體的防疫工作。
鐵三角不眠不休，現在是5人小組
但是，有政界人士說，「包機」本來就是政治議題，不論是民進黨、國民黨或共產黨，都要在包機議題上吃對方豆腐，或是避免被吃豆腐；現在有人在包機議題上「敲山鎮虎」，要蔡英文、蘇貞昌等高層不要躲在陳時中的後面，以及建議蘇貞昌親任指揮官。
由行政院長擔任防疫中心指揮官，如果以陳時中一天睡眠不到3小時，那麼蘇貞昌接任後應該也不惶多讓，是否在累了一圈之後，政府再換上其他人擔任指揮官？有人說，民眾黨的提議基本上沒有不對，但理由並不充分。
事實上，指揮中心「鐵三角」，包括「指揮官」陳時中、「執行官」疾管署署長周志浩、「監測應變官」副署長莊人祥，從1月24日展開防疫備戰後，就幾乎沒休過假；3月上旬為減輕其工作量，增設「副指揮官」，由內政部長陳宗彥擔任，加上「物資組組長」經濟部次長王美花，就是5人小組。
蘇貞昌接指揮官，會不如陳時中？
當年抗SARS期間，總指揮官是由陳水扁總統指定的醫界大老李明亮以及當時的衛生署長陳建仁擔任、當時行政院長是游錫堃；這次由陳時中任指揮官，類似比照過去。民進黨立委郭國文曾建議，行政院副院長陳其邁可以擔任「備位指揮官」，但蘇貞昌說，「有想但不敢講」。
在野黨希望由閣揆直接挑起防疫重擔，畢竟可以直接追究行政院長的政策成效。倘若防疫破功，可直接要求閣揆下台。問題在於，如何知道蘇貞昌一定不如陳時中？萬一蘇貞昌表現的一樣好、甚至更好，民意聲望恐怕只會再墊高，到時在野黨就是偷雞不著蝕把米了。
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