自5日立法院朝野協商確定在臨時會只審長照法、電業法與中央政府總預算之後，兩個法案開始進入漫長協商。長照法最有爭議的是財源、補助津貼以及小型照顧機構轉型的問題。連續喬了三天尚未有定論，11日早上的協商沒有完整的結論，將會送交院會表決。
綠堅持菸稅、遺贈稅做長照基金
最早在去年9月底的行政協調會報上，拍板定案菸稅、菸捐將提高，以挹注長照財源，曾掀起一波討論風潮。長期照顧法修正草案送入立法院後，於12月底召開衛環、財政聯席委員會，但全案保留交付黨團協商，雖財源未知，衛福部已經在公布長照2.0計畫。
長照2.0的計畫在第一年需要330億，在中央政府106年度預算中，長照公務預算約占177億，修法打算將遺贈稅增加10-20%，財政部估計可以增加63億，若將每包菸稅提高20元，可以增加225億，衛福部與財政部認為總計可以補足長照財源。但立委李彥秀表示，「菸稅與遺贈稅都是機會稅，都有可能面臨財政不穩定的問題。」她還認為這種滾動式、邊做邊修的修法模式在一例一休已經發生過一次，將造成社會巨大的變盪。
時代力量立委黃國昌更針對遺贈稅的部分反駁，認為此舉會使遺贈稅出現天花板。2009年馬政府將遺贈稅稅率由最高50%的累進稅率，一口氣調降為10%的單一稅率，已經是犧牲公平正義的稅改。時代力量主張長照財源資源應該回歸到總預算來討論、調配，甚至是相關稅法修正，而不是綁定特定稅收。
取消小型機構法人化、爭取照顧補助津貼
原條文是設有落日條款，要求所有長照機構法人化，但原住民立委廖國棟與高潞・以用都提到，部落或社區的小型機構對家屬探望有其便利性，但因為規模較小，難以法人化，不應該強制法人化或變成大型機構，否則未來社區型的機構很有可能消失，只剩都會區內的大型機構。高潞・以用說，「況且法人化的好處可能是有一定的監督，可是到現在法人化的相關法案也還沒有出爐。」9日協商時，終於先就長照機構法人化的部分達成共識，原有約1000家、未滿49人的長照機構可以繼續存在，不受法人化的限制，但新設立或遷移、擴大機構就需要法人化。
國民黨立委顏寬恒則堅持增列三親等內之家庭照顧者，應可獲得相關之專業訓練與教育，並得支領若干補助津貼，以減輕家庭負擔。事實上在許多北歐國家，甚至是韓國都有類似的照顧制度，主要是讓親人照養，被照顧者可以比較熟悉，而照顧者又能領有酬勞，免得成為免費的愛心勞動。但衛環召委吳玉琴說，顏寬恒盼三等親視為長照人員支領津貼，根據衛福部估算，以全部失能人口73萬估算，每月支領5000元給付，1年須花費173億元占了長照財源的一半，根本無法支應。
長照法三讀通過、2年需檢討
立法院11日加開的臨時會通過長照法修法，幾日協商爭吵不休的財源中就定案，在法源上確立增加遺產稅、贈與稅以及菸稅作為財源，每千支菸的稅額從590元調升到1590元，也就是說每包的菸稅將調高20元；另外，遺贈稅率也將從現行10%提高到最高20%，並採10%、15%及20%三級累進稅率。事實上，如果要加稅，必須另提遺贈稅法以及菸稅的修正草案，最快要下個會期才會在財委會審議，並不會立即實施。
三等親內的家庭照顧者補助在連日的協商中並沒有達成共識，在最後表決時也被民進黨以人數優勢否決，不過朝野通過附帶決議，為確保財源穩定，107年度起，長照基金的額度將以330億為原則，缺額由政府補充。針對先行通過遺贈稅、菸稅作為財源，朝野皆同意主管機關必須在2年內通盤檢討長照財源建置，研擬其他收入或甚至是採行長照保險，才得以面對日漸重要的長照政策。
