總統蔡英文在520連任就職演說提到，行政院組織改造工程，將在重新盤點後再次啟動，包括成立一個專責的「數位發展部會」。行政院長蘇貞昌也於10月答詢時證實，年底前將推動行政院組織改造案，成立數位發展部。但是質疑聲浪不小，在民進黨立委也另行提出組改版本之下，於是踩了煞車。
據規畫，新設的「數位發展部」將是橫跨資訊、資安、電信、網路及傳播五大領域的數位主管機關。國家通訊傳播委員會（NCC）的通訊傳播產業與輔導業務、國發會資管處的政府資訊管理業務、交通部郵電司的電信業務，以及經濟部技術處、工業局電資組業務，還有行政院資安處都將併入。至於科技部將改回「委員會」，改制為「國家科學及技術委員會」，主委由政委兼任。
數位發展部異議多
組織異動所屬人員的抱怨難免，但是組改反對的聲音確實不小。民進黨前立委林濁水嘲諷，偉大的「文青治國」、「社運人士」治國後後，一些偉大的「價值」就更偉大起來，紛紛得成立高級主管組織，如杜正勝的文化院，或中研院、海洋部、科技部、促轉會、文化會報、人權委員會⋯等等。現在數位發展部就是一個新傑作。
林濁水質疑說，數位的「發展」主力不是在台積電、聯發科及眾多資訊產業？將來這些產業的主管卻要從科技部、經濟部搬去數位發展部？
令人不解的是，就在行政院版本送出的前一刻，蘇巧慧等6位民進黨立委卻先另行提出版本，也獲時力黨團總召邱顯智在內的19位立委連署，讓人不得不質疑是否因蘇揆推動組改遭遇阻力，另闢蹊徑。
蘇貞昌也順勢回應說，「就是因為有溝通，所以要多聽各方的意見，組改是很大的工程，在盤整、多方考量後，也要尊重立委的意見，溝通成熟後就會案送立法院。」
蘇巧慧組改版本
根據蘇巧慧所提的組改草案內容，數位發展部改成委員會的形式設立，成立「數位發展委員會」。另為配合國際政治情勢需要，內政部將改為「內政及國土安全部」。並認為僑務委員會及國軍退除役官兵委員會，性質上並無委員會之需要，且功能分別與外交部、國防部貼近，因此把外交部改為「外交及僑務部」；國防部改為「國防及退伍軍人部」。
草案並把教育部一分為二，針對國民教育與高等教育性質不同，前者首重國家能否提供公平教育機會與資源，具有強制性、普遍等特質，後者則是為培養專業人才，以滿足國家發展之人力需求，因此參酌法國政府制度，分設「國民教育部」、「科技及高等教育部」。
原「交通及建設部」亦未完成組織改造，草案建議維持交通部、公共工程委員會。並增設「行政院資訊總處」，並置資訊長。國家通訊傳播委員會改制，主責通訊傳播之監理及證照核發，更名為「通訊傳播監理委員會」。
蘇巧慧的版本，也可能僅是為了測風向，果然有部會公開表示異議。例如退輔會副主委周皓瑜說，退輔會內意見一致，目前並無整併規劃，且要多溝通、多說明，維持現狀的退輔會。
對於國教、高等教育分家，教育部潘文忠則說，學制的連貫銜接對學生而言是重要關鍵，原則上希望以學生、學習族群銜接和國家人才培育角度來考量，對於立委這樣的構想，需要社會進一步討論。
組改草案原本將在年底前送交立院審議，執政黨內部卻先出現雜音，政院透露的組改訊息與蘇巧慧版本草案的歧異，究竟哪一個才是蘇貞昌意志，蔡總統又是怎麼想的，實在讓人霧裡看花。
