清華大學接受寶佳捐助30億元成立的台北政經學院，在寶佳集團涉入坑殺勞退基金弊案後引發爭議，不但校內學生議會抗議，還慘遭各界撻伐，台灣教授協會呼籲清大「不該讓政商躲在大學自治旗下恣意妄為」、政治評論者金恒煒投書媒體批評「台北政經學院」是怪胎，現在傳出連當初支持現任校長賀陳弘的前中研院院長李遠哲都對賀陳弘「感到失望」。
寶佳集團資金陷爭議
「台北政經學院接受寶佳捐款一事，據說李遠哲也不怎麼認同清大這樣的作法。」一位李遠哲的友人透露，即便寶佳涉及坑殺勞退基金弊案，清華大學仍接受由寶佳集團資助成立的台北政經學院，讓人感到遺憾，對於台北政經學院的資金來源，校方正式回覆「不會追究每個法人每一筆資金來源是否有爭議性。」
清華大學在2020年5月與寶佳集團資助的基金會共同成立台北政經學院，在教育部長潘文忠、清大校長賀陳弘的見證下，清華大學與寶佳以30億元成立的財團法人台北政經學院基金會簽約，合作設立台北政經學院（Taipei School of Economics and Political Science, TSE）。
當時清大校長賀陳弘指出，作為清華的第11個學院，台北政經學院將參酌倫敦政經學院模式，基金會董事長黃煌雄自詡為「校中校」。
清大照樣接受捐款
當時，根據清華大學官方發布的新聞稿，「台北政經學院的成立得到台灣企業家林陳海先生捐款台幣30億支持，財務自主。」，典禮當天，寶佳少東林家宏還出席的簽約典禮。但後來寶佳集團坑殺勞動部退休基金，校方對媒體的詢問，改口為「包括林陳海先生等多項資金來源」。
然而，寶佳涉及坑殺勞退基金，那麼，清華大學所獲得的款項，是否也涉及該案？台灣教授協會秘書長羅承宗也對媒體表示，「萬一裡面參雜不法所得，難道清大就放過他（指寶佳集團）嗎？」校方給予的回覆內容大致指兩項，第一，其他的學校也一樣，第二，不會去管捐款來源是否涉及弊案。
清華大學校方正式回覆《信傳媒》說，「開辦台北政經學院的經費是由『台北政經學院基金會』支持，基金會的募款來源並不侷限單一，也將爭取獲得其他來源捐款，校方都不涉入。如同各大學也接受各種公私法人補助，亦不會追究每個法人每一筆資金來源是否有爭議性。」
賀陳弘擔任台北政經學院基金會董事
校方還回覆指出，「以美國哈佛大學為例，也曾接受一位高爭議性捐款人的大額捐款，但在該捐款人被判刑定罪後，即不再接受此人其他的捐款。」在本案中，被羈押的是執行長唐楚烈和顧問邱裕元，捐款給清大的是林陳海，加入台北政經學院董事會的是林家宏，看起來，清大應該會繼續使用這筆款項。
在台北政經學院院長部份，去年五月，院長是朱雲漢，非清大自己的教授，根據清華學生議會爆料，副院長原定是政治大學的蔡中民，但後來校方由該校黃朝熙教授出任，朱雲漢目前仍是「代理院長」，校方的回覆是，「籌備時期的院長」，一切人事作業將在清大的既有體制下，決定院長人選。
清大：沒有利益衝突問題
此外，根據台北地方法院去年9月1日第109北院忠登字第1090017601號公告，校長賀陳弘也成為了主要由寶佳資產管理董事長林陳海捐助成立的台北政經學院基金會的董事。
被問及基金會的利益和學校的利益衝突時候，清華這一席由校長出任的董事面臨利益衝突時怎麼辦？校方回應，該席董事的責任就是監督、負責管理基金，每年定期撥孳息的85％以上支持清華大學台北政經學院辦學。
一位極可靠消息來源表示，這次寶佳的台北政經學院事件，讓李遠哲對賀陳弘感到「非常的失望」。
