兩款國產疫苗尚未進入第三級臨床試驗，然而疾管署已與國內疫苗廠商完成簽約，政府此舉引起爭議。
台北市長柯文哲31日直言，中央必須講清楚自己價值考量為何，到底是要「扶植本島生技產業、維護兩家生技公司的利益，還是保護國家最大利益？」
維護本國生技產業，還是保護國人性命？
「這時候硬是要用國產，（中央）要講你的清楚理由是什麼？」柯文哲表示，中央必須考慮「到底是要保護本國生技產業，還是國人生命？」
柯文哲同意，發展本國生技產業有其重要性，然而疫情遍布雙北，「我們現在是付出很大的代價壓住疫情，要是再拖三個月，我認為餓死的（人）會比病死的多」。
柯文哲指出，目前市場上至少有6支經國際衛生組織（WHO）認證的疫苗，具備三期臨床試驗、接種人次高達上億，立刻就可購買且價格明確，相形之下國產疫苗二期試驗尚未完成，價格也因屬商業機密而不可知。
美國食品暨藥物管理局（FDA）核准的疫苗進入台灣，仍需衛生署審查，柯文哲指這樣的行政障礙同樣是為了保護本國產業，然如今涉及的是國民的性命，他相信「是非對錯有一定標準」。
疫苗總是突然發下來？柯：中央搞神秘
台北市6月1日將再獲發5.6萬劑AZ疫苗，2日起同樣從第一、二、三類高風險人員開始接種，預計一星期就能全數施打完畢。
柯文哲重申，中央必須提早通知地方其疫苗分配流程，事前資訊愈詳盡，他們愈能妥善規劃接種事宜，例如一地可開幾條生產線、人員配置、後勤補給安排等等。
「他們在搞神秘嘛，都到（疫苗發下）前一兩天才說給多少」柯文哲埋怨，「我們的疫苗一下子多、一下子少，坦白說很難規劃，這是我們目前的困擾」。
至於有基層診所人員抗議自己不在優先施打名單，柯文哲表示抱歉，但政府必須根據科學方法排出順序。
柯文哲解釋，光是防疫專責醫院、加強版防疫專責旅館的工作人員還有萬華區警消，就佔去一大批2.2萬劑AZ疫苗，但新一批疫苗2日即將開打，相信診所醫護將能接種。
重點不在病例多寡，而是還要「封多久」
「現在我們要思考的不是病例『how much』，而是自主封城要『how long』」柯文哲表示目前雖無4級封城危險，但只要一放鬆禁令疫情就會「死灰復燃」，這樣下去到底能拖多久，是個問題。
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疫情指揮中心宣布允許企業設置快篩站，柯文哲強調一地區的盛行率必須夠高，做快篩才有意義，因此他呼籲中央「根據科學去設快篩站，不要一急就亂撒錢，否則會出現一堆偽陽性」。
柯文哲日前提出「一人確診、全家篩檢」引起台南市長黃偉哲質疑，今柯文哲解釋北市過去是採「一人確診、全家居隔」，不過有鑑於中央將推行社區篩檢站，北市府會再配合調整。
台北副市長黃珊珊補充，由於定點快篩站效益遞減、有些民眾交通不方便，31日北市府成立兩隊「機動快篩車」，以萬華區為優先，深入社區展開篩檢作業。
北市公布確診分佈圖引恐慌？
北市目前仍有PCR確診者、塊篩陽性民眾留置家中，他們按病情嚴重程度分為中重症、輕症和無症狀三類，並有相應的移出計畫和安置地點。
黃珊珊補充，55歲以下無症狀者按中央規定可居家隔離，由北市健康服務中心開立居隔書，若有必要則請中央設置電子圍籬，17天後可解隔。
同時，為因應輕症患者的運輸需求，配有高級防護的專責防疫計程車已從30輛增至40輛。
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至於有北市議員反映，「台北市確診個案分佈密度圖」恐引起民眾恐慌或歧視心理，柯文哲表示「看數字（上左）都不覺得驚訝，改成點點（上右）就很驚訝？」
柯文哲重申「公開透明」是一種政治價值，盼國人用理性務實的態度去面對問題。
北市不跟進「市場分流」但鼓勵「減攤」
桃園、新竹、台中、高雄等多個縣市展開以身分證尾數單雙數做為區別的「市場分流」措施，北市目前沒打算跟進，柯文哲反問「難道還要派一堆警察在市場門口檢查？」
「訴諸國民素質，會比政府拿著警棍更有效」柯文哲再次呼籲市民「一週只採買兩次」，此外北市府建議各大市場自治會「減攤」，每天暫停四分之一的攤商營業。
而前民進黨立委林濁水肯定北市防疫作為，柯文哲回應這必須感謝許多人的努力，過去兩週儼然是一場「世界大戰」，感謝各院如期開出病床，還有擋在第一線的基層人員。
