司改國是會議第二分組，10日舉行第4次會議，主要討論兩大主題，分別是「建構效能、精實的法院組織與程序」，子議題是強制辯護、代理制度等民刑事訴程序，以及終審法院（最高法院、最高行政法院）成員、員額及選任程序改革；另一個主題是「司法政策權歸屬」，討論司法院審判機關化、司法行政一元化問題。
落實三審責任界定能減少冤案？
該組召集人林子儀表示，1999年司改國是會議曾決議推行「法院組織金字塔化」，但一直沒做，此次的委員都決議必須落實，也就是未來法院的一審，是堅強的事實審，二審是事後審或嚴格續審，三審則是嚴格的法律審；希望改變外界質疑三審有時形同事實審，造成重複審判的司法浪費。
只是如此一來，一審的「事實審」就相當關鍵，很可能是決定一個案件成敗的核心，倘若一審時，法官在事實認定受到檢警蒐證不足或有瑕疵的情況，等到宣判後，二審的嚴格「續審」，是否能彌補一審的缺漏，還是在一審的基礎上就客觀條件審查，是有差別的；等到三審「法律審」，要翻盤的機會恐不容易，除非一、二審法官所引用的法條不當，否則，就很可能產生冤案。
冤案與判決不當，是國人對司法最缺乏信心之處，不過司改國是會議第二分組只就「法院組織金字塔化」做決議，如何減少冤案的科學採證，則是第一分組的討論範圍。該組於9日增開會議，召集人羅秉成說，決議建請設立司法科學委員會，司法院制定證據法專法、完善專家證人制度及建立證據監管制度。
測謊結果與法官審判有無關係？
但是，羅秉成也說，司法科學委員會不是「鑑定機關」，只希望強化司法發現真實的能力；有關制定證據法專法、專家證人制度部分，羅秉成表示，建請司法院研議制定適用於刑事、民事、行政訴訟的證據法專法，統一證據法典，促進法院正確認定事實，強化以證據為核心的審判機能。
羅秉成說，專家證人制度，不應該僅常用於性侵害案件，其他如智財等案件也很需要，但是要避免鑑定制度與專家證人有疊床架屋之虞。再者，司改委員也認為，測謊在現行操作上有問題，應審慎使用，律師黃致豪指出，測謊有信度、效度、同儕的可審查性疑慮，對被告太不利，偵查階段或可測謊，但應盡量禁止審判中使用。
司法院則說，現行測謊必須受測人身心、測試環境良好，而且法官不會只依據測謊判案，美、日、德等國也沒有規定測謊不得作為證據，還有法官認為否定測謊是因噎廢食。事實上，司改委員並未否定測謊，重點應該是測謊的結果，關係到法官審判的品質，太依賴測謊或完全不依賴測謊結果，還是大有人在，司法院急忙跳出來反對，卻沒有針對問題的核心。
未來大小官司都要請律師？
此外，關於證據監管及判決確定後的證物保管制度，司改委員也認為應該建立，否則判決確定的DNA證物，若判決確定即銷毀，後續再發現有錯有冤，將無法平反。這也說明國內的司法證據保存始終沒有建立，司改委員趙儀珊就提出10件關於部分證據佚失的案例，包括「徐自強案」、「許榮洲案」等。
還有一項令國人擔憂的是，未來是否大小官司都要請律師？這是分組討論中所決議，「未來民事和刑事訴訟將採取律師強制代理和強制辯護制度」；但有人質疑輕罪、重罪，自訴、他訴，民事、刑事案件都不相同，弱勢者倘請不起律師，難道直接宣判敗訴？若大家一窩蜂找免費的法扶基金會，品質不但難以保證，國家經濟的負擔也會更重。
