行政院舉債編列8,824億元的「前瞻基礎建設」，其中2,507億元「水環境建設」，列入多項爭議性大、或尚未通過環評的開發案。在12日的第二場公聽會中，水資源保育聯盟學術召集人陳椒華、新北市副市長葉惠青都要求應先剔除這些案子，否則未來將引發更大的爭議。
被點名的主要是水庫類的工程(如下表)：
未環評、有爭議的水庫類工程高達704.43億元
陳椒華指出，「台中大安大甲聯合工程」、「台南曾文南化聯通管工程」都還沒通過環評，尤其後者環保團體已反對多年，在台南鑿山做越域引水，目的是送水到高雄供應未來的工業開發用水，這很不合理，應重新檢討。
葉惠青則點名兩項跟新北市有關的工程。一是，「桃園石門水庫阿姆坪防淤隧道工程」，會把大量泥砂排入下游大漢溪，對生態影響很大。二是，「雙溪水庫」，用到的水系現在下游經常是乾的，而且旁邊有斷層，居民都很害怕。他質疑，過去開會時已表達過疑慮，但還是被放進去，並未跟地方好好溝通。
另外，台中市長林佳龍則贊成大安大甲聯合工程，並強調這個計畫對產業、都市發展很重要，而且這也是擴大內需，所有治水的成果都會留在地方。他還說，治水不分藍綠，台中市8名不分黨派立委都已聯名支持。
對於環團提出的質疑，水利署長賴建信強調，曾文南化聯通管路不是要做越域引水，更不是要恢復之前停工的曾文越域引水。而是在曾文水庫、南化水庫下游，將這2個水庫的水源聯通起來。他舉例，今年曾文、烏山頭水庫有超過1.5億噸的水，供水沒問題，但南化水庫不到3千萬噸，供水就拉警報，導致台南需要實施一階段限水因應。2個水庫聯通後，可以互相支援、更有效率。
至於阿姆坪防淤隧道工程，賴建信說，每年可減少 64 萬噸淤砂，可延長石門水庫壽命，另外依2011年水利署研究，石門水庫防淤操作，以大漢溪三峽河100 年頻率、淡水河 200 年頻率模擬，結果顯示防淤操作並不會造成下游河道溢堤，更不會提高洪水溢淹的風險。
對此，經濟部次長楊偉甫也回應，還沒通過環評的開發案雖然列入，但會遵守環評規定，還沒通過前不會動工。他也強調，阿姆坪防淤隧道工程，是洪水來時藉由排洪順便把泥砂帶走，排洪時一定會做好環境監測以保護生態。
不過，楊偉甫的承諾並沒有意義，因為依過去慣例，一旦被行政院列入重大開發案，即使爭議再大，環保署還是會配合行政院指示通過環評審查。
美化水岸的項目，違反特別預算編列原則
另外，陳椒華強調，過去16年來已編列2,500多億治水預算，最近一個是2014年編列的「流域綜合治理特別條例」6年660億，要到2019年才到期，還沒執行完，何必急著現在又編新的計畫？她認為，應該先評估過去的治水成效，有需要再編，否則草率編列，讓年輕人揹更多債務很不應該。
除了林佳龍，桃園市長鄭文燦、屏東縣長潘孟安也到場支持，並表示這筆錢花下去，不只要不淹水、不缺水、還希望做親水景觀。而水利署在這次特別預算中也編列280億元，要做水岸美化工程，潘孟安說這是「一拍即合」。
陳椒華則認為，依預算法規定，唯有國家發生重大災難時才能舉債編列特別預算，不應該納入不緊急、且跟治水無關的項目。反而真正的基礎工程，例如汙水下水道、灌排分離都沒有編列，環保團體對政府感到相當失望。她強調：「未免債留子孫，未來民間只好抗爭了。」
