去年10月，蔡英文在執政決策協調會議中指出，六部會組改將分兩階段進行，首先將處理陸委會、經濟及能源部組織法以及裁撤蒙藏委員會。15日下午立法院初審通過陸委會組織法，成為民進黨政府上台至今第一個通過的組織改造規劃。
是否納入蒙藏業務成爭議
馬政府時期曾進行大規模的政府組織改造，將37個部會整併、調整為29個，不過台灣的部會數目在世界上排名仍屬前端。裁撤蒙藏委員會早就是藍綠共識，不過相關業務要歸於哪個部會之下，又成為藍綠意識形態之爭。馬政府時期的草案曾提議將蒙藏委員會業務放入陸委會的業務，而扁政府與現今的蔡政府都是傾向將相關文化交流併入文化部，蒙藏族群業務由外交部接手。
15日早上藍委吳志揚、鄭天財都質疑未來的蒙藏事務要如何處理，陸委會主委張小月僅簡單表示會依照行政院整體規劃、依據業務性質來做調整。綠委段宜康與李俊俋則諷刺，「部分偉大政治家不知道在問什麼」，蒙藏委員會何去何從根本不是陸委會該負責的事情，本來就不該詢問陸委會。
副主委由特任改為簡任
除了最爭議的蒙藏事務之外，15日初審通過的「大陸委員會組織法」與原先「行政院大陸委員會組織條例」最大的不同就是將現行規定副主委為2到3人，改為明訂為3人，取消其中1人得為特任官，改為其中2人為政務官，1人為常任文官，皆為簡任十四職等。
原本的組織條例中，陸委會主委是特任官，為什麼也讓其中一個副主委得為特任官，擁有一樣的職等呢？這是俗稱的馬英九條款，在組織條例於1991年制定時，正逢馬英九擔任陸委會副主委，才訂定此條文。李俊俋表示，放眼所有部會，沒有一個部會和陸委會有一樣的規定，「我們只是把不正常的變成正常。」
陸委會組織法草案按照行政院交付的版本初審通過，沒有作任何文字更動，蔡易餘表示未來可讓陸委會組織法制化、明確化，相關員額也沒有變動，維持原有的狀況。
