數位發展部過去就因「蛋黃區」辦公室高價租金，以及頻繁的出國行程，從而屢次招致批評，甚至連執政黨立委也數次為此槓上前任數發部長唐鳳。不過，相關問題並沒有隨著唐鳳黯然下台而畫上句號，在最新的審計部總決算審核報告中，仍然著重提出意見。
在決算報告中列名，數位發展部為解決辦公空間不足問題，租用中繼辦公室就花費了6988萬元；又以掌握各國數位技術與政策發展情形，在112年度編列預算1,408 萬餘元，執行23項出國計畫參與國際重要會議及活動，但其中竟只有9項依原計畫執行。
辦公室租用惹議，花7千萬租房，又花3400萬裝潢
作為2022年才成立的年輕部會，卻坐擁高達200億年度預算，數位發展部由於主管業務不明、經費使用不當等問題接連被抨擊，儼然成為民進黨政府中仇恨值最高的部會。其中，最受詬病的莫過於辦公室的租用問題。
由於尚未有專屬於數發部的辦公樓，數發部曾在111年7月至112年12月之間，承租位於台北車站前的新光大樓做為臨時辦公室，前後18個月的租金就近7000萬，另外還花費3400萬裝潢，總共花費1.4億。
況且，台北市南門市場的新大樓完工後，為將土地作為預留數發部興建辦公樓所用，原有的南門中繼市場被盡數拆除，但因數發部後來改往中正區行二行三用地，由於建物已經被拆除，暫時無法繼續租給其他使用者，該土地如今形同廢地。
審計部：數發部選辦公室限定為「台北市中正區」
針對辦公室的選址與租用問題，審計部在決算報告中指出，數發部籌備工作小組以交通便利性、安全性、業務協調聯繫便利及效率為由，要求將中繼辦公地點限制在臺北市區，然而，近年以來臺北市與鄰近新北市已形成大臺北生活圈，部分中央部會亦坐落於新北市區，籌備小組將辦公地點限制在臺北市區，「難謂合理周妥」。
審計部意見還表示，在數發部承租新光大樓作為中繼辦公地點後，直到租期屆滿期間，雖多次函請國產署提供周邊國有房地供檢討搬遷，但選址區域仍一再限定為臺北市中正區，更以新光中繼辦公室租用面積作為篩選條件，未依實際需用單位與人員數調降辦公需求空間，適時放寬地點條件，導致迄今無符合之國有房地可供進駐。
總而言之，審計部認為，數發部所提出要將辦公室設在台北市中正區的要求並不合理，甚至在需求計畫書要求租賃建築物主要結構需採鋼骨鋼筋混凝土或更高規格，變相增加潛在租金成本，不符合租用國內辦公廳舍應力求撙節之規定，函請數發部重新檢討。
23項出國計畫僅9項順利執行
而在頻繁出國參與活動上，決算報告指出，數位發展部 112 年度編列預算1,408萬餘元，執行 23 項出國計畫參與國際重要會議及活動，執行結果，決算數1,342萬餘元（執行率 95.33％），總計參與 27 場國際會議及辦理 1 場考察計畫。
不過，審計部查核編列的23項出國計畫中，計有6項變更計畫、8項未執行，另新增9項臨時業務需要派員出國等，僅9項依原計畫執行，顯示其出國計畫之擬定與預算編列，與行政院及所屬各級機關因公派員出國案件編審要點第 2 點及第 3 點有關各機關應審慎編製計畫及切實執行之規定未盡相合。
審計部又指出， 27份出國報告共提出107項建議，其中已採行項數計74項、研議中項數計33項，都是由出國報告之人員自行判定填列，惟列為研議中之項數，後續並無相關追蹤或列管機制，影響出國計畫之效益。
審計部函請數發部檢討改善，要求其審慎編製年度出國計畫及切實執行，以提升出國計畫效益。數發部則回應，112年度出國計畫係由籌備小組依當時需求推估編列，致出國計畫新增、變更幅度較大。但也承諾，後續將遵循行政院及所屬各級機關因公派員出國案件編審要點規定，參考過往辦理經驗及業務推動需要，審慎編製年度出國計畫。
