此次監察院預算慘遭刪凍情況，是五院中災情最慘重的一院。由於立法院在三黨不過半的情勢下，藍白兩黨掌握多數席次，在審查行政院送出的114年度中央政府總預算案時，藍白聯手對監察院痛下殺手，大幅刪減。有一度，國民黨立委羅智強還提案刪除29位監委及秘書長等政務人員的薪水，刪到連同黨立法院長韓國瑜都看不下去，才協調撤案。
根據總預算最後審查結果，監察院業務費遭刪凍高達96%，創歷史記錄。藍白立委批評監察院「作用不大」，更有立委認為監察院查京華城案、木可案已淪為「政治打手」，因此決議大砍預算。
監院人士指出，不合理的預算刪減，直接導致具體的嚴重影響，包含約用人員、駐點工程師一夕失業，志工執勤的補助交通、餐費無法補助，甚至有立委主張讓監察院的辦公大樓「斷水斷電」，不僅導致機關運作困難，連基本的水電費支付都成問題，用完第一預備金後甚至還需與台電協商因應，以求維持基本運作，避免監察院直接陷入停擺。
然而，監察院作為憲法明定的五權機關，肩負監督政府、審查財產申報、調查官員違失等重要職責，在未修憲的情況下，立法院以刪預算的方式讓其停擺，而預算大砍後將直接影響監察權的運作，恐形同「軟性廢院」。
財產申報倒退，民眾陳情受阻
不過，受到影響的不僅是監察院本身，更直接承受衝擊的還有民眾與公務人員，特別是立法委員的財產申報作業。
首先，在業務運作方面，陽光四法系統維護停擺，申報、查詢都將回復人工作業，有部分立委稱財產申報業務一塊錢都未被刪除，財產申報業務不受影響，但業務費遭大幅刪減，系統維護近乎停擺，有關陽光四法的平台系統，如政治獻金不得捐贈者資料整合平台、政治獻金會計報告書公開查閱平台、公職人員財產申報查核平台、公職人員財產管理系統及公職人員利益衝突迴避資料通報暨案件管理等系統之資安、維護、因應法令修改需要之擴充作業等案，皆難以為繼，嚴重影響陽光法令業務順利進行。
監院人士說明，監察院的財產申報制度向來是監督公職人員廉政的重要機制，然而，在預算遭刪後，財產申報系統將無法使用自然人憑證登入，恐影響申報效率。往後財產申報將倒退回到紙本作業，公職人員(含立法委員)申報財產，需自行逐一蒐集財產資料。因為政治獻金會計報告書線上申報、線上查詢系統停擺，申報人無法得知誰為不得捐贈者等相關資訊，全數皆倒退到紙本申報及查詢，對申報者影響甚鉅，稍有疏忽，被查到就是罰錢。
另一方面，民眾陳情管道亦受阻，不僅無法透過視訊向監察院申訴，甚至連案件處理完畢後，監察院沒有紙本印刷、郵寄費用，也無法主動通知當事人，民眾不能進行線上查閱，只能要求民眾自行上門查詢，除了大幅降低行政效率，更影響民眾知的權利。
調查權受限，專家諮詢、證人費、巡察油費自掏腰包
監院人士提及，監察院在辦理調查案件時，向來需聘請專家學者或證人提供專業意見，但目前證人出席費僅為500元，專家學者費亦僅有2500元，在預算幾乎被刪光的情況下，處理案件的監察委員只能自行從薪水中自掏腰包貼補相關費用、開源節流，自己想辦法用最低成本、或找免費義工將案件調查完成，甚至有人提議「寫欠條」，等日後預算下來再支付專業人士諮詢費，但怕觸法而作罷。
不僅如此，監察院的國內公差旅費、公務車油料費及車資等經費也遭大幅刪減。監院人士透露，預算縮減已嚴重影響監察職權的執行，現在是有車無油，十幾年座車也沒有維修費用，不僅無法前往各地受理民眾陳情，甚至在出訪勘查時，若搭乘公務車，相關車資與油料費還需由個人自行負擔，讓監察院的正常運作面臨前所未有的困境。
依據憲法、憲法增修條文、監察法、監察法施行細則、監察院辦理調查案件注意事項及監察院巡迴監察辦法等規定，監察院行使調查權，得因案情需要，進行履勘與案情有關係之處所，另亦須於每年度完成中央及地方巡察業務，實地瞭解政府施政作為、地方民情並受理民眾陳情。監院人士哀怨表示，「現在預算被砍成這樣，真不知要如何執行這些業務。」
國際成果將付諸流水，傷害人權運作
此外，監院國際事務費用遭刪，過去長期爭取的國際交流成果付諸流水，包括台灣將於今年主辦「2025年國際監察組織澳紐及太平洋地區監察使年會(APOR年會)」，這是監察院自1994年以來，首度以中華民國監察院名義加入國際監察組織(IOI)，會籍隸屬澳紐及太平洋地區(APOR)，預算被刪將導致監察院無法善盡組織會員義務，並影響台灣國際聲譽。
監院人士補充，由於國際事務費用預算被刪，也使台灣無法參與經多年爭取方於今年成為正式會員的伊比利美洲監察使聯盟年會(FIO)，及近年積極參與之亞太地區國家人權機構論壇(APF)，國際交流中斷，將造成無法彌補的後果。
李俊俋主張三權分立，「但不能不修憲就把它變不見」
監察院作為憲法機關，根據《中華民國憲法》，負責監察政府施政、糾正官員違失、審核公職人員財產申報，並享有彈劾、糾舉與審計權。監察院的職責不僅涉及行政機構的透明度與責任追究，更關乎公民的基本權利，特別是在保護民眾利益及維護政府清廉方面，扮演著不可或缺的角色。然而，此次預算遭嚴重刪減，導致監察機關職能幾乎癱瘓，外界質疑這是變相的「預算凍結廢院」。
針對監察院遭遇的困境，監察院秘書長李俊俋表示，眾所周知他主張「三權分立」，但監察院作為憲法機關，若要讓監察院消失或是削弱其功能，應該透過正當的憲法修訂程序進行，而非藉由刪凍預算等手段把它變不見。
