針對教育部駁回台大校長遴選結果，台大在5月12日召開臨時校務會議，經過5個多小時的討論，決議建請教育部依照大學法規定處理遴選結果，發給管中閔聘書。身為校務會議代表、又是校長候選人之一的吳瑞北，在經過了將近28小時的沉澱後，於臉書粉絲專業寫下近六千字的長文〈講了該講的話〉，也宣告自己將回歸一般專任教授的身分。
在文章中，吳瑞北針對兼職議題指出，「依台大校務會議訂的兼職準則第四條第三款，要滿足兩個必要條件始得在外兼職：一是要通過系所務會議，但明顯地，管中閔教授六月十四號去擔任薪酬委員時，並沒有通過系所務會議。二是要簽完產學合作合約，顯然也沒有，因此這是違背本校自訂的規定。」
不過，他坦言，自己當然了解相關作法在台大屬於通例，管中閔其情可憫，「但他委屈，候選人難道就不委屈？」況且，此次迴避原則在社會上引起紛擾甚巨，結果卻被歸因於其他候選人並未出面正式告發，這讓他不禁反問：「有人來問過候選人嗎？」
吳瑞北說：「事實上，犯規就是犯規，不能說大家沒抓，就能要求就地合法。我們（台大）校內這樣是可以通融的，但如果要這樣去跟教育部打官司，他（管中閔）違反的是我們自訂的規定，還要振振有辭去跟人家打官司，我個人意見是不會贏的。」
醫學院代表提三點贊成重選，觸動候選人悲哀與委屈
他也提到，在校務會議上，醫學院代表陳沛隆點明了三個重點，首先是先兼職再補程序的「通例」，台大竟高達94％的人是如此，遠高於全國的百分之七十幾，「那台大不是引領全台灣，反而是違法引領大家。為此他（陳沛隆）個人贊成重啟遴選，而且要快，因為打訴訟我們（台大）會輸，因為我們理虧。」
再者，針對候選人兼職一事是否影響（遴選結果），由於遴選委員會已表示非其所能推論，變成了台大打官司會輸的第二個理由，「他們（遴選委員會）自己都說無法確定會不會影響判斷，其實就等於是認同蔡明興執行職務有偏頗之虞，等於是呈堂證供。」
第三個重點更是直接觸動到吳瑞北的內心，「他（陳沛隆）提到媒體說有資格提起這樣質疑的是候選人，這也很誇張，候選人怎麼知道另一個候選人有沒有揭露，又怎麼知道遴選委員有沒有討論這件事情。他表示很憐惜候選人，……這一點特別觸動我身歷這次事件中最深沉的悲哀與委屈。」
談迴避原則，吳瑞北：台灣大哥大與中研院不同
回到吳瑞北自己的立場，談起教育部函文中相當關鍵的迴避原則，他直言是實踐遴選過程中必要的程序正義，「程序正義具體而言就是武器平等原則，它的核心內容有二：在積極面，它包含資訊（證據及證據方法）的公開、透明及公平適用的規則；在消極面，則是指資訊的不得作偽、變造及隱匿規則，因此有沒有主動揭露是前提。」
「遴選委員未揭露其與特定候選人間與其行使職權的『公正性』『獨立性』及『偏頗性』有關的重要資訊，會剝奪其他遴選委員知的權利，侵害其等自由行使遴選權的權力，這就是屬於重大程序瑕疵。」吳瑞北還舉例，如果今天理工科技受科技部補助的研究成果忘了寫政府單位（像科技部），或許還情有可原，但假設是生命科技或醫學的研究成果，卻未揭露資助單位是藥廠，「那就會是非常嚴重的學術倫理議題了。」
「大家以這種方式去思考，就會很清楚為何管蔡事件中，遴選委員（蔡明興）未提出自請迴避，候選人（管中閔）未主動揭露，教育部來函會認為是重大程序瑕疵。反之，中研院廖院長（廖俊智）為遴選委員，周副院長（周美吟）為候選人，但兩人關係在遴選期間皆已完整揭露，1月5日選舉前廖院長還主動提出自請迴避，周副院長在候選人資料表中也完整呈現她是中研院副院長的職務，因此就毫無違反利益迴避的問題。」他進一步說明。
台大邊抗爭邊要經費有難度，吳：應該鬥而不破
針對台大目前與教育部的緊張關係，吳瑞北也提出質疑，「從一個未來校長的角度，如果面對這種爭議，他要怎麼解決？我們怎能一面要跟教育部抗爭，但同時又請教育部給更多的經費？這樣無法解決問題。」他認為，更好的方式應該是一方面依照教育部的意見進行遴選，另一方面維持台大高度與教育部持續折衝，將大學自治的內涵深化擴大，「也就是要採取鬥而不破的策略。」
至於何謂大學自治？「大學自治是手段，她的真正精神是要保障學術自由跟校園民主，學術自由含教學自由、研究自由、學術發表自由，這些才是憲法層次要保障的內容，在大法官釋字380號中寫得很清楚，其他憲法並沒有講。」他說，校務會議不能主張大學校長的選任應屬大學自治的範圍，「校務會議並無這樣的權限，我們的選民也沒有授權我們去詮釋大學自治的內容。」
重啟遴選依據台大規定，並未損及學校高度
針對管中閔兼職一事，有一派說法是「應回歸會計系的專業解釋」，也就是說，以獨立董事的身分去兼任薪酬委員會，並不算兼職，因為擔任獨董，在公司內部治理是去兼任。
對此，吳瑞北則以近期電機系系務會議所通過的兼職案例進行分析，「有一個案是擔任獨董，但並不擔任薪酬委員；另一案是擔任獨董，也擔任薪酬委員。所以在法律上，這是兩個不同的職務，獨董一定要兼任審計委員，這可以說是法律上的規定。但獨董不一定兼任薪酬委員，事實上薪酬委員會也不一定要是獨董，所以必須另外經系所務會議通過。」
他說：「台灣大哥大針對管教授（管中閔）擔任薪酬委員的情形，在去年7月又特別來函，該系是9月下旬才開系務會議，而管教授在8月就已經參加薪酬委員會執行職務，學校規定寫得很清楚：就是要先經校方書面同意，始得在外兼職，這顯然不合規定。」
吳瑞北認為，重啓遴選必須依據「台大遴選委員會運作要點」相關規定，是按照台大自訂的規定辦理，並沒有損及台大高度的問題，也不會違反大學自治的精神，「就整個事件，管教授雖非有意，但違反一些規定是事實，我們應該要讓他重新回來參加遴選，把這趟程序補齊，而不是要我們跑到外面去抗議去訴訟。」
臨時校務會議過後，吳瑞北：將回復專任教授身分
4月27日，教育部公開聲明，要求台大重新遴選程序進行補正，當時被媒體問及看法，吳瑞北當下表示「對教育部終於有了決定，讓台大可以走得下去這一點表示肯定，」之後應媒體詢問，也說自己願意一本初衷參加遴選，此事卻替他帶來不少困擾，「事後我遭到不少漫罵汙衊，很多都是不理性的言論，對我的人格造成很大的損害。事實上他們並沒注意到，我只是對教育部終於肯下決定表示肯定，並不代表我對教育部的其他作為表示贊同。」
他強調，當時已清楚指出，自己參加遴選有三個前提──台大覺得需要、校務會議支持、遴選委員會支持──且背後原因是「校長遴委會組織及運作要點」規定，最後至少要有兩人被送進遴選委員會，「為了學校的和諧，與繼續往前走，就是陪著管教授再走一次，再受到慘敗的屈辱，我也可以接受。……沒想到管教授堅持拒絕，而這次校務會議也作了決定不要重啟遴選。」
至於5月12日校務會議後的立場又如何？吳瑞北說：「我的回答很簡單，就是會遵照校務會議的決議。因此，我想這也是適當的時機表達，『此次參與台大校長遴選已經結束，回復為一般專任教授身分，為校服務的初衷雖未能達成，未來會以其他方式為這所大學及這片土地作出貢献。』……於今，台大校務會議既然已展現她的決定，社會各方面也應該尊重。」
「與台大校長遴選權責相關的重要關鍵人物，包括教育部吳部長、遴委會陳召集人、這次校務會議決議賦予等同校長權責的郭代理校長、以及實質一直幕後影響全校決策的管校長當選人，他們的決定對台大未來的命運非常重要，希望能共體時艱，以蒼生為念，相忍為台大，作出智慧的決定。讓台大以及於台灣，能快速撥雲見日，展翅高飛，這也是我所深切盼望的。」他說。
