2020民進黨總統大選拿下空前勝利，主掌選戰兵符、調和蔡英文競選總部與民進黨黨部矛盾的林錫耀，成了黨內人人讚的「最佳秘書長」，有派系要角誇林，不論是政策細膩度或是選戰工具掌握，都不輸民進黨永遠秘書長邱義仁；蔡英文去年回鍋黨主席後，林錫耀順理成章重掌秘書長位置，協助蔡英文處理黨務。
蔡英文第二任任期隨著政局推進、黨內派系利益競逐與蔡蘇體制的碰撞，奉行老二哲學的林錫耀一貫圓融作風，不隨便說NO的好好先生作風，竟成了與派系產生嫌隙因素之一。
派系對提名條例不同調，卻傳成蔡英文希望六都徵召
像是本週三（9/29）林錫耀主持黨內工作小組會議討論2022年提名條例，各派系代表提案針對2022年縣市長徵召或初選意見。據透露，新系中常委梁文傑會中提案，是否將2022年提名方式，分類成直轄市與非直轄市，直轄市因情況特殊，由黨主席向中執會提名徵召，非直轄市則回歸《公職人員提名條例》精神或是參考2018年版本。
不過正國會中常委陳茂松認為，六都由黨主席負責協調徵召提名的部分，若蔡英文有公開講，他沒有意見，如果沒有，就不能算數。這樣的討論，最後被傳成林錫耀「假傳聖旨稱蔡英文主張部分徵召」，讓黨中央相當訝然。
與會的民進黨立委王定宇表示，現場沒有所謂「主席要徵召」說法。民進黨組織部主任李慶鋒表示，工作小組有提出3方案，分別為回歸初選的公職人員提名條例；以2018年特別條例為討論基礎；以及區分為直轄市、非直轄市兩種樣態等三方案，目前仍未定案，下周會再討論。
會有這樣解讀，主要是正國會主張2022年縣市首長提名全面初選，被外界解讀成是為了黨內立委陳亭妃選台南鋪路，陳亭妃回應「外界想太多」，正國會會這樣提案，是因為現在沒有特別條例，就是回歸到目前提名條例本文，就是初選的部分。
假傳聖旨風波，源自非新蘇系對林錫耀的不信任
不過，黨內除了正國會外，其他派系對於全面初選仍持保留態度，像是嘉義縣長翁章梁、高雄市長陳其邁連任無疑慮，尤其陳其邁2020年8月才補選上，不到兩年又要初選，恐引發怨言。
這起工作小組風波也意外扯出派系對林錫耀擔任秘書長的不信任感。
林錫耀是2020年5月與蔡英文一起回任，挾著史上最高總統得票操盤手光環回鍋黨部，兩位副秘書長林鶴明、林飛帆更是蔡英文欽點，林鶴明負責黨內政策文宣、網路大數據等；林飛帆則負責溝通社運團體、協調地方青年組織等工作。
就在牽動黨內派系消長的去年7月黨職改選前，黨中央提前讓馬祖黨部落成，多了兩票黨代表選票可運作。2019年黨內英德大戰戰得激烈，黨內部分派系對卓羅體制仍有芥蒂，馬祖黨部在黨職改選前緊急成立，也讓初選時與卓羅體制隔閡的派系不爽，將砲火指向林錫耀。
林錫耀曾被批「派系的秘書長」
接著又有英系掌門人陳明文在中評會主委選舉中中箭落馬，牽動後續政局變遷、派系消長，連選舉對策委員會成立時間，林錫耀都被埋怨，甚至有派系要角私下批林，認為總統應該是全民的總統，秘書長也該是黨的秘書長，「但是林錫耀感覺比較像是派系（新潮流）的秘書長，而不是黨的秘書長。」暗諷林在處理黨務上，較偏向新、蘇系。
蔡英文重返黨主席後，遇到新冠疫情捲土重來，疫情卡住許多黨務工作，連帶原訂要黨中央主導的公投下鄉巡迴，也喊卡，許多活動都只能取消或改為線上，大大消磨黨的功能。然而黨中央功能削弱，地方派系對於2022選戰的佈局與盤算卻絲毫未減，也難怪在選對會改名的工作小組討論上，會爆出認知不同步的轉述錯誤。
2022年地方選舉對民進黨本就是場硬仗，加上大新竹合併升格一事尚未定論、蘇內閣各種政策被派系聯合推翻等議題，顯見後蔡英文時代已不是單一共主強勢領導，而是派系各自領軍、搶灘頭、築防守長城的時代，這樣一來，林錫耀的角色變化，已經不是過去「人人好」就能各自圓滿，開心回家，局勢變動與2022年選戰危機也在檢驗這位秘書長的領導能力。
