2021年12月立法院三讀通過行政院組織修法，新設置數位發展部（數發部），並將現在的科技部改制回國科會，原規畫新國科會2022年3月掛牌，不過最後跳票。科技部長吳政忠3月底在立法院詢答就表示，因為配合數發部掛牌時程因此延宕，希望6、7月能順利掛牌。
知情人士坦言，數發部掛牌營運過程不太順利，除了改制過程中，龐大的公務員人力轉移配置要解決，公務員敘薪職等都需要相關評估，此外，部長人選究竟花落誰家也引發風波。
蔡英文青睞唐鳳，任首位數發部長機率高
據透露，政委唐鳳頗受總統蔡英文青睞，因此有意讓她擔任首任數發部部長，也就是媒體傳的「內定說」，不過消息一出後，引發長期以來負責數發部統籌督導的政委郭耀煌不滿，據指出，一開始蘇貞昌聘用郭耀煌擔任科技政委，就是要請他負起督導數發部成立事宜，當時府院多認為郭應該會是第一任部長。
豈料，隨著唐鳳知名度飆高、國際掀起唐鳳熱潮，唐鳳與郭耀煌也引爆瑜亮情結，「內定說」傳出後，讓郭多次向蘇貞昌請辭表示想歸建回學校，政院極力慰留；3月初行政院發言人羅秉成澄清表示，蘇貞昌慰留郭耀煌，並指派唐鳳擔任籌備數位發展部的召集人，並期加速籌組作業，待相關規劃確定完成後，有關人事也會適時對外發布。
據了解，唐鳳接手籌備數發部後，籌備過程不太順利，知情人士透露，唐鳳對於數位民主轉型、開放數據與應用，跟未來科技防疫架構較有熱情與興趣，但是組織人事架構的複雜與細膩程度，郭耀煌比唐鳳更能因應，這也是為何蘇貞昌必須留人的原因。
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府院憂心，唐鳳行政溝通能力
其實早在唐鳳接任部長消息傳開之際，就有不少府院人士憂心，唐鳳在專業能力上的優異度無人可比，但行政溝通協調上，恐需要有人去輔助，當時被點名的次長人選，包括蘇系大將、一卡通董事長李懷仁在內，都是希望來補其不足之處。
根據《數位發展部組織法》規定，數發部將置政務次長2人、常務次長1人，被媒體點名的次長人選就有李懷仁、經濟部工業局長呂正華，以及潛在的國家通訊傳播委員會（NCC）重要官員。但唐鳳私下否認強調都是「報派」。據了解，行政院尚未拍板數發部相關人事。
NCC、國發會等業務，將整併入數發部
數發部也將整併NCC、國發會、經濟部、交通部部分業務，等數發部成立後，業務轉移，NCC將變成「傳播監理」角色，把關電視執照換發審查等，仍會維持獨立機關的地位。
2014年國家科學委員會（國科會）才改制為科技部，當時總統馬英九主導，首任部長張善政，如今成立不到10年，又要改回國科會，而且為了與2013年以前國科會有分別，稱為新國科會。
科技部長吳政忠在3月28日立法院備詢時提到，科技部變成新國科會組織變革比較單純，部會內「司」變成「處」，人員沒變化，他們把籌備時程已於3月底完成，法規已經就緒。
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科技部將改回國科會，主委必須由政委兼任
至於外傳吳政忠將回鍋政委兼任國科會主委？吳政忠坦言，按照組織法，國科會主委要由科技政委兼任，目前科技政委只有2個就是郭耀煌與唐鳳，「主委要政委兼任，沒有政委兼任不行。」立委好奇，所以就是要等唐鳳或郭耀煌其中一人接任數發部部長，空出科技政委位置，才能有國科會主委產生？吳政忠也並未否認。
科技部在改制後，每個月行政院的科技會報辦公室（科會辦）也將退場，回到國科會轄下的科技辦公室，不過，立委黃國書憂心，行政院每個月開一次的科技會報，決定國家科技政策預算與未來走向，不少科會辦顧問都是科技業層級超大咖人物，像是和碩童子賢、台積電創辦人張忠謀都是顧問。
「他們當行政院科會辦顧問，是因為每個月有機會跟蘇貞昌當面建言國家科技政策走向，未來科會辦納入國科會，層級拉低，是否有辦法邀請到這麼大咖顧問？」黃國書表示，科會辦主掌科技研究預算的分配， 一旦納入國科會後會有「球員兼裁判」的問題。
吳政忠坦言，目前正在協調討論，但是不論是國科會或是科會辦預算分配、政策等等都要經過行政院審查，因此會避免類似情形。
數發部掛牌時間未定，拚6、7月落成
蔡英文第二任任期數度點名「數位發展部」成立的迫切性，甚至連連任當年的520連任就職演說中都有提及，2021年底在立法院三讀過關的數發部組織條例就與行政院提出的版本有落差，最主要是民進黨立委劉世芳、張廖萬堅等人堅持在資通安全署外，再立一個產業發展署。
劉世芳指出，面對現代化戰爭及社會經濟發展的型態，數位發展部的任務非常重要，從烏俄戰爭中可以看到數位戰爭重要性，數位戰爭絕非等到指揮官發號司令後才開始進行。她希望數位發展部能協調各部會，還要關注科技面及現在化國家治理的觀念，如此才能符合全民對數位發展部的期待。
