組織改造是立法院本會期的重大議題，立法院今天三讀通過《交通部組織法修正草案》及《經濟部組織法修正草案》，未來經濟部將新設5個署，包括商業發展署、產業發展署、國際貿易署、能源署和中小及新創企業署。
另外，配合行政院組織改造規劃，明定交通部負責辦理全國交通行政、交通建設及產業業務；未來交通部下設觀光署、中央氣象署、公路局、高速公路局 、鐵道局、民用航空局、航港局等7個三級行政機關，以及運輸研究所1個三級研究機構。
交通部設觀光署、中央氣象署
行政院推動六部會組織改造，原本擬新增設4個三級機關首長，採常務及政務雙軌制，不過遭到在野黨批評破壞文官體制，經過黨團協商後，民進黨立院黨團讓步，同意雙軌制僅保留交通部觀光署，經濟部產業發展署、能源署、中小企業新創企業署，改為「事務官」任用，不採雙軌制。
交通部長王國材於4月13日委員會審竣本案後受訪表示，這次組改包括成立觀光署、氣象署為重中之重，「觀光立國」在全世界都是重要的事；至於強化氣象預報、氣候變遷業務職掌，則有利交通、農業、環保等單位規劃相關政策。
有關交通部掌理的10大事項，三讀條文明定，包括︰鐵路、大眾捷運與公路建設的政策、工程籌劃、監督及管理；公共運輸與公路監理的政策、工程籌劃、監督及管理；觀光發展規劃 、宣傳推廣、資源開發建設及經營輔導管理的督導；交通領域的氣候變遷調適及溫室氣體減量政策的推動等。
三讀條文指出，交通部置部長1人，特任；政務次長2人，職務比照簡任第14職等；常務次長1人，職務列簡任第14職等。
經濟部新設5署，能源局改名能源署衝
至於《經濟部組織法》三讀條文明定，經濟部依職掌設10個次級機關，包括：商業發展署、產業發展署、國際貿易署、能源署、中小及新創企業署、水利署、智慧財產局、產業園區管理局、標準檢驗局、地質調查及礦業管理中心。
而本次經濟部組改，將成立「產業園區管理局」，負責原本「工業局」、「產業園區管理局」業務；「礦務局」與「地調所」整併為「地質調查及礦業管理中心」；「水利署」續留經濟部，益於有效整合民生與產業用水。
這次的組織法草案修法，經濟部的產業發展署、能源署、中小及新創企業署，還有交通部觀光署，署長任用可採雙軌制。行政院人事行政總處表示，雙軌制的設計是為因應部分機關業務特殊需要所為，盼能引進專業人才進入公部門。不過，此舉遭在野黨立委質疑，為增加政治酬庸職位、破壞文官體制，「愈組改，政務官愈多」。
經朝野協商討論後，民進黨總召柯建銘宣布，除了交通部觀光署保留雙軌制，其餘經濟部產業發展署、能源署、中小及新創企業署則改為事務官，不採雙軌制。
避免破壞文官體制，僅觀光署採取雙軌制
國民黨團總召曾銘宗說，國民黨在協商過程清楚表達，常任文官是我國政治體制非常穩定的制度，不受政黨輪替影響，若讓三級機關首長雙軌制，常任文官最高只能當到副署長，不僅阻礙文官升遷制度，也打擊士氣。
曾銘宗說，雖說雙軌制並非就一定用政務官，但民進黨執政以來，不看專業只考慮政黨利益，對於他們是否會任用常任文官，國民黨沒信心，所以堅持反對。他也舉例，過去經濟部和交通部的部長及政務、常務次長，全是優秀的常任文官出身，柯建銘在協商當場也對此表達認同。
不過，曾銘宗說，觀光署部分，民進黨認為需要國際性、民間行銷的人才挹注，基於提振觀光等理由，希望引入民間人才試試看，最後國民黨也不再堅持。
民眾黨立委張其祿說，樂見執政黨懸崖勒馬，往好的方向前進。時代力量立委陳椒華說，政治派任的三級首長，為了討好政黨的不當政策，可能凌駕專業之上，除非有什麼特殊事由，否則三級機關首長仍應維持常任文官制比較妥當。
