前總統馬英九因為2016年初以總統身分登上南海太平島，被當時民進黨立委與名嘴酸得一無是處，不過，馬英九5日在東吳大學演講時不滿表示，當時確實有些國家「不太高興」，但他講「我去我們家的後院，關你甚麼事？」他去太平島是為了確立太平島「是島不是礁」的法律地位；馬反批那些批評他的人真的是「胡說八道」。
南海仲裁是菲律賓與中國主權與經濟資源的爭奪，起因於中國與菲國爭奪位於南沙群島中黃岩島的主權，菲律賓漁民屢因捕魚被中國驅趕，因此菲國提出南海仲裁案。仲裁庭在2016年7月12日宣告結果，認為中國無法基於歷史主張享有南海自然資源權利，並應停止在南海填海造陸的活動等。
不過，因為仲裁庭認為，被台灣實質佔領的太平島是「礁」不是「島」，意外也將台灣給牽扯進來。因為太平島長期由我國實際掌控，若被認定為礁而非島，恐將無法主張相關經濟海域的權利，也牽動中、美大國間在南海的經濟與軍事戰略布局。
馬英九5日在東吳大學「嚴家淦總統講座」中主講「國際法與南海風雲」議題時說，他登上太平島的主要目的不是「宣示主權」，主要是確認太平島的法律地位是「島」不是「礁」，島上可以維持人類居住，有經濟生活與機能，能證明這點「就能立於不敗之地」。
馬英九：美日尷尬無法力挺
馬英九說，中華民國在國際仲裁程序中不但沒有受邀或諮詢，仲裁庭的實體決定也是錯誤，所以我國無法接受，蔡英文總統就任後也表示不認同、不接受，在國際上反對仲裁有58國，支持的有41國。雖然仲裁庭已作成判斷，但無法執行。
雖然美國在仲裁後也鼓勵各方，支持相關仲裁結果的拘束力，但美方實際上對這個判定也是「非常感冒」，馬英九說，因為美國在北太平洋上也有3個小島，是比太平島還小的軍事基地，在仲裁後變得很尷尬，所以都默不吭聲；日本雖然表達支持的立場，但他們也會因此無法主張沖之鳥島礁的權利。
根據「聯合國海洋法公約」規定，島嶼的條件包括自然形成、四面環海、高潮時要露出海面等，三者缺一不可。馬英九說，日本的沖之鳥礁只有9平方公尺，大約是兩張雙人床大小，日本從1980年代開始經營，想發展成一個島，才可以主張有200海浬的經濟區，但我方認為是岩礁不是島嶼，且面積太小無法讓人居住，無法維持人類居住或經濟生活，因此反對這個主張。
馬英九：擱置爭議，共同開發是唯一解
馬英九在2016年1月28日，卸任前最後一次親自登上太平島視察，並邀當時已當選總統的民進黨主席蔡英文同往，結果被蔡陣營拒絕，還被綠委、名嘴圍剿，馬喊冤說，蔡英文不肯去登島是「很荒唐的事」，當時總統府秘書長跟蔡陣營聯絡，結果被名嘴消遣說他「約蔡英文一起去看海」，真是覺得莫名其妙。
馬英九說，南海仲裁在國際間的效力因為許多不公平而被降低，菲國現任總統杜特蒂也較為務實，在南海仲裁後並未激化雙方對立，反而去和中共會談並帶回135億美元的合約；菲國和中共會談後協議，黃岩島主權由中國所有，但中方不驅趕菲國漁民。
最後他在回應中生提問時表示，兩岸在爭取海洋權利上，不一定要「勾肩搭背」，現在這樣的方式也很好，中華民國不會違背祖宗祖產，這些也不需要中國提醒。要解決南海爭議，馬英九認為只有靠他提出的「南海和平倡議」才能解決爭端，因為「擱置爭議，共同開發」才是唯一的解決方案。
