新閣揆賴清德上台後，與蔡英文總統的關係將會如何，是外界觀察的一個重點。賴清德即將面對立委的總質詢，這是他的第一道考題，不過民進黨占有多數席次，擁有主場優勢，綠委也可能採「聯合質詢」的模式，縮短賴清德被綁在國會的時間，居少數劣勢的泛藍軍，則對他應不會構成太大威脅。
扁馬時代閣員比閣揆還大
扁政府時代，游錫堃、謝長廷、蘇貞昌等行政院長，面對朝小野大局面，幾乎每個會期開議都會受到議事杯葛，連施政報告都很難；到了馬政府，在國會擁有絕對多數，但是像陳沖、江宜樺、毛治國等閣揆，也都曾面臨在野黨的強力杯葛，有的是因為政策，有的因為自家立委不挺，讓行政院在國會寸步難行。
賴清德沒有這些先天不利因素，民進黨立委甚至可以做他的後盾，客觀形勢對他相對有利。有人曾以蔡英文和賴清德的個性不合，甚至有「瑜亮情結」，認為「文清政府」的運作，沒有想像中樂觀。
馬政府的歷任閣揆，幾乎都是馬英九總統的「執行長」，除了最後看守期的張善政，有較大的發揮空間，其他的都把行政院做小，自我矮化為總統府的「行政局」。這其中有幾個關鍵，其實與扁政府頗為類似，就是有些閣員可以上達天聽、直通層峰，並未把閣揆放在眼裡，而扁、馬似乎也樂於如此。
蔡英文接受「葉爾辛效應」挑戰
賴清德內閣的成員，他自己決定的並不多，大部分都是留用林全時代的政務官，不過他顯然也是欣然接受。他在台南市長的第一任，市府局處首長也是更迭頻繁，情況不下於柯文哲的北市府，但是經過幾次汰換，能和賴清德共事者就逐漸漸入佳境。連任之後，市府人事的異動，就不是首長拂袖掛冠，而是具有功能性與計畫性的調整。
從權力角度來看，賴清德這位「大諸侯」，對於總統的權威當然是有影響，他又是最有紀律的新潮流系首位培養出來的行政院長，曾有黨內人士建議蔡英文不必幫賴清德找位子，但蔡英文沒有採納，她勇於接受可能的「葉爾辛效應」挑戰，應該早有心理建設，而且是胸有成竹。
事實上，憲法雖然規定台灣為雙首長制，但是從李登輝、陳水扁到馬英九，體制都向總統制傾斜，行政院長成為總統的代理人，甚至替總統到國會擋子彈、接受嚴格的質詢蹂躪，或者是總統滿意度下滑時，拿來做為平息民怨的工具人，行政院長地位低落，大家把閣揆視為「打工仔」，隨時都有下台的準備。
蔡賴政府是實驗「雙首長制」好時機
民進黨的派系，目前呈現新潮流獨大的局面，這樣的好處是，如果賴清德做得不夠好，其他派系也沒有比較強的人選可以頂替，這與過去游錫堃（游系）之後有謝長廷（謝系），謝長廷下台後有蘇貞昌（蘇新系），大家各擁其主，或是聯合次要敵人打擊主要敵人；國民黨也不惶多讓，劉兆玄、吳敦義、陳沖、江宜樺，各有支持力量，但反對力量也不小，黨內有志者虎視眈眈，暗施絆馬索也不意外。
過去的閣揆，大多希望能和總統結成「命運共同體」，無奈期待都只是一廂情願；賴清德心理素質堅強，不必仰望和蔡英文成為命運共同體，他有完整的歷練、豐富的經驗，他的去留是更上層樓還是回鄉種田，取決於他的施政良莠，不在於黨內掣肘或總統「關愛的眼神」。
蔡英文的優點，是沒有絕對的權力慾望，林全與賴清德只是誰與她曾經共事較久、不是權力多寡的問題；扁、馬經常擔心跛鴨，反而讓自己陷入困境，他們在黨內無端建立敵人，希望時時警惕自己，不料卻是自己作繭自縛。
蔡英文沒有非要和賴清德共享權力，希望她能不吝於給出權力，這是台灣實驗「雙首長制」的一次好時機，如果蔡賴的組合，還是陷入扁馬時代的爭鬥輪迴，那就是憲法要大修國體，甚至制憲的時候了。
