民進黨政府醞釀修法，將全國農田水利會改為公務機關，會長也將由官派，被批沒有配套，有強奪農民私產與違憲之虞，而且涉及農田水資源分配問題，可能衝擊現有農田供水，藍營智庫與立委因此出面表達反對。
行政院會11月9日通過「農田水利會組織通則」部分條文修正草案，並函送立法院準備審議，國民黨智庫國家政策研究基金會舉行記者會，國民黨立委張麗善說，立法院長蘇嘉全說要消彌選舉樁腳因素，也就是為了選舉和選票考量。但要把公法人改成公務機關，卻沒做好相關配套，結果只會讓水利會員工權益與農民財產受損。
藍委質疑政府沒收農民私產，農漁會鄉鎮市長都將淪陷
張麗善說，2002年陳水扁總統實現政治承諾，將水利會回歸民主自治，改成由會員選出會長，第二次政黨輪替後卻打臉自己人要消滅選舉樁腳，把水利會長改成官派。
她質疑，未來會長改以公務人員銓敘任用，但會長不是水利會會員，這樣的作法不但對水利會工作沒有幫助，只有民進黨集權的考量，未來農、漁會，甚至鄉鎮首長恐怕也都要比照辦理，甚至中華民國總統以後也不必具有國民身分，直接由外國人擔任算了。
張麗善指出，水利會職員無法適用公務員權利與福利保障，卻要受到公務人員行政中立法的規範，不能參與政黨、選舉活動，否則將有被秋後算帳的可能，改制後侵犯2000千多名水利會員工權利，也罔顧全國150萬農民權利，有違背憲法第14、15條，有關人民集會結社、保障財產權的規定。
張麗善說，水利會財產早年都是由農民共同出資而來，這次修法等於要讓政府公然沒收全國水利會共有1000多億元資金，6000多億元以上的資產。她希望全國各縣市會長與會務委員，要站出來維護自主權，不准黑手伸入公法人組織，否則未來農會、漁會也會被「一併殲滅」。
農民反彈力強，總幹事警告恐有大規模抗爭
農田水利會聯合會總幹事葉在德說，政府在民國82、85年就曾想將水利會改制為公務機關，當時就因為財產私有、員工沒有公務員銓敘等問題遭到反彈，而且水利會灌溉面積達83萬公頃，是過去先民長期投資取水的成果，還有54萬公頃的非灌溉區農民，一旦在收歸國有後，也要求取水灌溉，將損害原本有繳交會費的會員權利。
葉說，民國105年間，農委會在北中南東開四場改制會議，遭到強烈反彈，認為會長改為官派是政治交易煙霧彈，被農民強力反抗，拒絕改為公務機關，目前150萬農民還不了解狀況，否則他們一定會出來抗議，若未取得150萬會員的同意，抗爭會沒完沒了。
他說，水利會歷史已發展300多年，明清、日本與國民黨時都不敢將之改為國家行政機關，現在政府膽量真的很大，他呼籲民進黨應好好思考農民權益，因為水利會是調配水的單位，關係農民生計，水的調配出現問題，農作物就無法生產。
衝擊農業水資源利用，前農委會主委籲改制應從下屆開始
前農委會主委陳保基說，水利會是自治團體的公法人，現在距明年5月31號改選前已不到半年，要改制應從下屆開始，他呼籲明年531還是要按現行規定選舉，沒有人在選前半年突然說不要選了。
另外，公務機關化除了財產以外，還有無法像現在水利會從事調配水源的問題，現在有1000多位掌水工24小時負責農田供水，改成公務機關後的執行問題，還有水利會被放在農村及農田水利署下，明顯把農業用水降格等問題。
陳保基說，農業生產區位與水資源分布複雜，不是單靠改制成公務機關，就可普遍照顧到灌區外的農田，他希望全台的水利會長不要為了延長2年4個月任期，就草率進行改制，要讓農業生產資源獲得保障，永續發展台灣農業。
