曾任台肥董事長的前立委李復興，於政黨輪替後的6月初「自動請辭」，是少數知所進退的前朝肥貓。這個由農委會轉投資的國營事業，蔡政府隨即更換官派董事，並推選副主委陳吉仲接任董事長。
說台肥董事長是「肥貓」，其實並不誇張，年薪685萬，俾倪多數國營事業董座，例如扁朝范振宗、李金龍等人在卸任農委會主委後，都轉戰這個肥缺。
子公司與孫公司層層投資
台肥在1999年民營化之前績效不佳，定位也不明，游錫堃任行政院長時，將它從經濟部轉到財政部管轄；謝長廷任閣揆時，再從財政部轉到農委會；但由於農委會過去沒有掌管過事業單位的經驗，導致內部鬥爭不斷，直到馬政府時代才較為平息。
農委會轉投資的國營事業不多，只有3家，分別是台肥、農業金庫公司、台北農產運銷公司，總投資達到149.5億元，金額與比例都相當大；比較難得的是，去年2015年，這3家轉投資的國營事業都賺錢，是擁有國營事業的少數部會中，不容易辦到的事。
但是農委會轉投資事業最為人質疑之處，不在於子公司、而是孫公司，亦即農委會轉投資台肥、台肥再轉投資的事業，就有14家，居政府所有部會之冠。投資金額較龐大的前3家，分別是朱拜爾肥料公司、台灣海洋深層水公司與TR ELECTRONIC CHEMICAL CO.。
台肥轉投資也有資產管理
問題是，除了肥料、生技公司，台肥的轉投資事業還有「創投」、「能源」、「資產管理公司」，這些與台肥甚至農委會的本業有什麼關聯性？尤其台肥還是「台莊資產管理開發公司」的唯一股東，使得農委會的孫子輩已經跨足到資產管理的領域。
不過，台肥現階段的發展主軸在「肥料化工事業」、「不動產開發事業」、「健康事業」等；由於擁有土地面積約170公頃，多位於都市精華區，極富開發價值，因此「土地活化」也是台肥另一項發展的重心，而資產管理就扮演重要角色。
只是，台肥轉投資的14家事業中，有4家是百分之百持股、2家持股超過50％；全國農業金庫公司再轉投資的農金保險經紀人公司，持股比率也是百分百。如此層層轉投資，孫公司的營運卻沒有受政府監督，金額約有52億元。
孫公司避開監督機制
子公司的監督方面，則是依照「行政院農業委員會主管民營事業公股股權管理要點」及「行政院農業委員會派兼公民營事業與財團及社團法人董監事人員遴派及考核要點」，辦理公股代表考核。台北農產運銷公司則是配合台北市政府，就經營農產品批發市場的經營績效做評核。
然而，考評結果幾乎都是「適任」，因為受評對象多是原機關首長或高階主管，引起是否客觀的議論。
由於台肥近年轉型成功，是農委會炙手可熱的寶貝，特別是作物栽培能力，以及製造肥料技術，在亞洲市場都有不錯的優勢，某些改良的肥料配方，正爭取東亞各國的專利權。
蔡英文總統選前的農業政見之一，是成立國家級農產出口公司，這個「台灣農業國際開發公司」，將採公辦民營，確定落腳在台肥底下，成為農委會的孫公司，政府持股比例不超過49％，可不受政府監督，這樣會不會引起在野與反對人士的批評，值得觀察。
