經濟部國營事業董座爭奪戰，在新政府上台後就展開一陣廝殺，高雄市長陳菊愛將陳金德接掌中油、陳啟昱掌管台鹽；英系部分，前小英基金會執行長張振亞的丈夫黃育徵入主台糖，另外台水新董座是新系郭俊銘，台電則是非民進黨系統的朱文成，炙手可熱的中鋼還是由前朝宋志育續任。
經濟部所屬國營事業向來被視為肥缺，處處可見黨內征伐的痕跡，但是新董座對營運如何打破現狀，改革民進黨長年詬病的毛病，恐怕屁股還沒坐熱就被砲轟。
轉投資事業居政府部會之冠
經濟部所管轄的國營事業有台電、台糖、台水與中油公司，另外還有51家持股低於50%的公私合營事業，但經濟部卻在其中15家持股超過40%，形同國營事業，卻能巧妙規避監督。
根據立法院預算中心報告統計，截至2015年底，中央政府轉投資公私合營事業共178家，其中經濟部占有51家，持股達40%有15家，是所有部會之最。然而，目前政府對投資事業的管理皆以50%為度，意味當政府持股超過50%的國營事業，才需要接受預算法、決算法、政府採購法等較嚴格的監督與審查，與公私合營事業有極大的差異。
經濟部持股近50%的15家公私合營事業當中，有10家是所屬國營事業中油所投資；尤其在淳品實業、中殼潤滑油、台耀石化材料科技等3家，持股比例高達49%，以些微的比例差距迴避國會監督。
10家中油持股比例較高的公司皆屬子公司，國光電力與台耀石化分別向中油採購天然氣及承租廠房土地，2015年關係人交易金額占其年度總支出之比率分別為77％及74％。淳品實業、尼米克船東控股公司與尼米克船舶管理公司，分別提供中油油料進出口輸儲服務、載運天然氣以及相關的船運管理。後兩者於去年的收入完全來自中油公司，並無自行開創其他收益。
持股比例高卻未派任董事長
中油轉投資的越南台海石油、華威天然氣、尼米克船東公司都占有超過3成5的股份；台糖在所轉投資的越台糖業持股4成；加工出口區作業基金轉投資的台灣絲織，也有4成5的股份，且是公司最大股東，卻未掌握優勢派任董事長，難以有效參與公司實際營運。花大錢投資，又未能創造利潤，例如台灣絲織已經連續3年虧損。
即使公股轉投資公司有官派董事長，卻也爭議重重，有4位高官退休後即轉任董事長。賴杉桂原為經濟部中小企業處處長，退休後擔任台船公司董事長，年薪翻了1倍，今年6月才由鄭文隆接手；漢翔公司董事長廖榮鑫是從國防部副參謀總長退休後轉任，薪資比原本優渥。
台汽電算是經濟部的孫公司、由台電轉投資，旗下有森霸電力、星能電力及星元電力3家子公司。其中，森霸董事長是前環保署長沈世宏，8月底行政院長林全核定由星力公司董事長李明昆接任；星元董事長是馬政府酬庸的國民黨前新竹市長許明財，當年都被批為有違專業的任命，還有踩到旋轉門紅線之嫌。
虧損多年未見檢討
這些轉投資事業已經有5家是連續3年虧損，分別是中油轉投資的中美和石油、台耀石化、中殼潤滑油；台糖轉投資的太景醫藥；與加工出口區作業基金轉投資的台灣絲織。後3者的虧損甚至超過資本額的一半，中殼潤滑油已經關廠，但仍要整治受汙染場址，另外兩家仍然是決議暫不撤資。
台電至2015年底已累積虧損達1935億，反觀轉投資的台汽電公司以及旗下3家民營電廠卻合計獲利高達26億元，引發圖利民營電廠、虧損由全民買單的強烈質疑，電業法在立法院上會期未竟全功，下會期預算審查，經濟部恐難逃立委的圍剿。
