在擔任李總統經濟顧問期間，陳博志與李總統有諸多互動，他提起幾段與李總統之間的小故事，至今仍讓他印象深刻。
1990年行政院要推出六年國建計畫時，那時候陳博志已經是李總統財經小組顧問群之一，當時的行政院長已經從李煥換成是郝柏村，而郝所主導的行政院，提出了六年8兆8千億元的國建計畫，結果行政院的報告一出來，陳博志就在李總統財經小組上說：「這個數字不對。」
故事一》總統的高度－面對批評「沒有關係」
當時陳博志跟財經小組召集人梁國樹說，這是不可能的數字，隨後他寫了一份報告交給李總統，報告內容主要提到：「國家沒有這麼多錢，建設要有優先順序」。1990年，當時總統是李登輝，行政院長是郝柏村，經建會主委是郭婉容，郝跟郭都堅持要匡這筆錢做六年國建，而陳博志除了是財經小組顧問，也是李登輝跟郭婉容的學生。
陳博志不僅給李總統「六年國建計畫數字不可能」的報告，也陸陸續續給建言，當中有建議李總統該怎麼調整這個計畫，但是並沒有辦法完全改變行政院的做法。於是當時經濟學界包括財經小組、中研院以及經濟學會在民間就發起了一項大型的反對行動。
同時間，民進黨也舉辦了一場「全國民間經濟會議」，這場會議的結論還是陳博志寫的，除了民進黨外，中研院、經濟學會也舉辦了多場活動批評「六年國建」，當年的閣揆郝柏村，是被外界視為獨裁的軍人閣揆，而李登輝、郭婉容更是許多持反對意見的經濟學者的老師。
當時台灣剛解嚴不久，總統也還沒正式民選，學界以及社會上有這樣反對的聲音，當時李總統是怎麼反應呢？
就在民進黨召開民間經濟會議之後的兩天，李總統先是請財經小組的顧問們吃飯，面對這些顧問，李總統是一個一個敬酒，當時李總統一看到陳博志，就跟陳博志說：「你現在最出名了」，陳博志當著李總統的面回說：「出名有什麼用，我都在罵人的。」
李總統只說了一句話：「沒有關係，我說沒有關係，就沒有關係....。」而李總統當時這樣的態度，讓陳博志印象深刻。
陳博志認為，李總統那句話其實是很重要的一句話，代表著不同的意見、批評，繼續發出不一樣的聲音，其實是得到李總統支持的。
最後整個六年國建雖然繼續做下去，不過是從最初的8兆8千億元砍成2兆，而李總統鼓勵學者勇於對政策提出不一樣的意見，其實就是「總統的高度」。
故事二》學者的氣度－主張沒實現就繼續講
還有一次，陳博志在總統財經小組顧問會議上就跟李總統抱怨，「寫了這麼多報告好像都沒有什麼下文，根本沒有用...。」李總統就告訴他，「中華民國的事情，不是總統講了行政院長講了就算數，很多事情不是那麼容易做，所以如果有主張就要多講，沒有實現就要一直講，一直寫。」
這時李總統話鋒一轉反問陳博志，「你知道我想要廢掉農民的『肥料換榖』制度寫了多少文章嗎？」
在李總統還是學者的那個年代，不只菸酒，連稻米也受到政府管制，要賣米都得有政府的執照才行，甚至農人種的稻米政府會徵收，農民也必須拿自己種的稻米來換，才能取得肥料，只是這個稻米與肥料的轉換價格很不合理，所以「肥料換穀制度」一直被研究農業的李總統認為是嚴重剝削農民的一個制度。
後來陳博志才知道，這個「肥料換穀」制度，李總統從學者時代就主張倡議應該廢除，之後也不間斷的發表文章告訴政府「肥料換穀」制度是不對的事情，是欺負農民的。他從教授、政務委員、台北市長、台灣省主席一路繼續主張，一直到他當上了副總統，「肥料換穀」制度才整個改變過來。
「執政者不能獨裁，當然學者也不能獨裁，不能說我講的大家都要聽。」陳博志說。
這兩個小故事，其實要告訴大家，政府做為一個領導者，理所當然必須要聽民眾的意見，但是做為學者或是政策的建言者，其實也不要希望「講了一句話，這個世界就會按照你所講的或是所想的來運行來改變，」你可能必須要一直主張、一直講，甚至鍥而不捨的講，可能才會有那麼一點效果。
故事三》年紀大了自己最清楚，該退則退
李總統在位12年，但其實1996年他當選中華民國第一屆民選總統，照理說他是可以再競選一次連任的，而且以當時他的聲勢以及掌握的權力，就算他要競選且繼續連任，幾乎可以說不是什麼困難的事。不過他並沒有這樣子做，這當然與理念上他就是希望讓台灣更民主化有關，但其實也隱藏了他的一個小心願。
在郝柏村擔任行政院長的後期（1992-1993），外界已經有各種傳言說，李總統要把郝柏村換掉，郝柏村也一直在外面講他自己的身體非常好。
隔天恰巧陳博志等幾個財經小組成員來到總統官邸，李總統就跟顧問們說，「年紀大了其實自己都很清楚，就是會這裡痛那裡痛（他在講他自己）」。
陳博志認為，李總統當時大概71、2歲，身體其實相當不錯，但是那時候李總統心裡就有「年紀大不要以為自己多健康」這樣的想法。另外，當時他也曾經講過，想要改變每一個中華民國總統都做到死的慣例（兩蔣都在任內過世）。所以2000年總統大選，就算憲法上他可以再選一次民選總統連任，但他也不再選了。
