海軍敦睦艦隊染疫，艦上就診人數不斷上修，沒法一次說個準，而且對外強調尊重醫官專業，根據《艦艇防疫作為相關報告》也顯示，「經醫官評估為疑似個案時」啟動後續相關因應作為，民進黨立委趙天麟質疑說，「這看似對醫官的授權，實為軍方的卸責條款！」
國防部20日表示，磐石艦病歷初期清查，因當事人刻正實施檢疫隔離中，艙間屬汙染區域，專案編組人員逐次依艙間消毒狀況，「初期僅尋獲70人，71人次的就診紀錄」。
深夜改口稱，經全艦消毒完畢後，調查人員再次實施清查，「已確認就診人數148人，226人次」。其中，包括發燒5、上呼吸道10、頭痛2、腸胃不適18、暈船62、外科41、皮膚23、口腔10、眼科11、其他（健康諮詢等）44病歷就診紀錄。
醫官扛責？
敦睦艦隊18日爆出3例時，國防部軍政副部長張哲平在中央流行疫情指揮中心記者會表示，因應這次疫情發展，都有指派隨艦醫官，並每天定時回報官兵健康狀況，但傳來報告都是正常；對於無法掌握真實狀況，國防部深感遺憾。
翌日再激增21例時，外界質疑航程期間已經有人出現症狀，向艦上醫官反映，為何沒有及時處置，以致群聚感染？國防部發言人史順文在說，因為航程顛簸，頭痛不算少見，只能尊重醫官專業判斷。而且，案397、398未反映身體不適。
體檢艦艇防疫SOP
趙天麟說，3月30日，他的國會辦公室便向海軍調閱相關艦艇防疫SOP，面對疑似症狀人員之隔離、後送機制，海軍稱「當人員發生身體不適症狀（發燒、咳嗽、呼吸困難、喉嚨痛等呼吸道症狀）經醫官評估為疑似個案時」，就會啟動相關因應步驟。
這份因應SOP看起來相當完備，包括艦艇常態時的防疫：梯口防疫篩檢，每日每人量測體溫3次，分艙分流，分工分時。交談保持1公尺距離；若有呼吸道症狀須帶口罩，交談保持2公尺距離。梯口衛兵、醫務檢疫、密閉空間人員值勤全面帶口罩。
有疑似確診病例時，泊港期間，全員實施區管制14天，確診病例及其密切接觸者移至陸岸區，其餘在艦修養。航行期間，「經醫官評估為疑似個案時」，個案即移入區隔修養艙，全艦列為密切接觸者，全員帶口罩；並循戰情體系回報艦隊作戰中心，視離案距離申，請空中或緊急返港，將個案後送檢查。
發生疑似案例艦艇，均安排迅速返港靠泊，原任務由艦艇指揮部另派艦船接替。
外顯症狀不是只有醫官能察覺
趙天麟認為，要判定有關人員是否隔離與後送，不應將「全艦人員是否健康」的重擔，全然置於隨隊醫官的肩上，而應當遵循指揮中心所解釋示的客觀徵候，明確指明「就是要隔離、後送」的相關症狀，並輔以強制回報義務，令國內軍方決策者能夠共同做出判斷。
譬如，根據指揮中心資料，案397在4月1日即有發病，發病內容除了嗅味覺異常，亦有咳嗽、流鼻水等外顯症狀，平日生活在一起的鄰員、長官應能察覺到，在公部門一般採取「超前佈署」、「料敵從寬」的現勢下，何須仍待醫官確認才能決定是否採取行動？更不要說軍醫局長自陳艦上有「 5名曾發燒的官兵」。
趙天麟強調，類此情況就應回報給岸上確認應變作為，而不是受限於艦長的權威、艦上的文化，甚至是醫官個人的疏忽或隱匿，造成空有SOP，卻無法有效避免憾事的後果。他強調，整起事件的檢討、咎責，務必要連同整個制度運作一起檢討，杜絕後患。在中國遼寧艦於我國外海演訓、並運用「灰色地帶衝突」做為軍事挑釁之時，我國海上戰備的重要性不言而喻，實在禁不起再有第二艘染疫船艦，相關防疫作為絕不能再大意為之。
總統下令「誠實以對」
但是，艦隊染疫沒能清楚對外說明，疑點重重。蔡英文總統20日召集國防部長嚴德發、衛福部長陳時中，和國防、國安及防疫相關單位開會，針對敦睦艦隊後續調查檢討做出指示，下達最高原則，要求國防部「誠實以對」。
蔡英文表示，國防部務必配合中央流行疫情指揮中心疫調，更要在最短時間內完成內部調查，在執行任務的前、中、後是否有所疏失，該檢討的就檢討，該咎責的也不能迴避，公開向社會完整說明，才能讓國人釋疑。
蔡指出，這次敦睦艦隊是執行戰訓任務，參與任務的官兵都已經集中檢疫，不論確診與否、症狀為何，國家有責任給予最好的照顧。請國軍弟兄姊妹不要擔心，也請各位配合疫調與檢疫措施，共同守護我們的家園。
防疫期間，國軍弟兄姊妹投入多項防疫工作，為了因應區域情勢的變化，更是隨時待命、保家衛國。這些得來不易的成果，不容許遭到破壞，我們共同的敵人是病毒，不是彼此。蔡英文要求，國防部及其他政府機關，「不要隱匿」是面對疫情最重要的態度。問題已經發生，承擔責任，全力解決，才符合人民對政府的期待。
國防部再次保證，磐石艦各項病歷及醫療紀錄，已全數移給中央流行疫情指揮中心作為疫調使用，釐清確診原因，「絕不會有任何隱瞞情事」。
艦隊染疫，攸關國內的疫情控管，更涉及國人對國軍的信任。國軍肩負守護國家安全重擔，理應有更嚴謹的防疫作為，但卻出現疏漏，除了應變僵化，文過飾非的文化更須一併剷除，否則「國防布」的形象恐揮之不去。
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